More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1565 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1565  phage integrase  100 
 
 		 416 aa  850    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.314527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4162  integrase family protein  44.77 
 
 		 396 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1646  integrase family protein  42.12 
 
 		 330 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6962  integrase family protein  37.85 
 
 		 327 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1727  phage integrase  37.31 
 
 		 267 aa  143  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1637  integrase  43.12 
 
 		 174 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  28.9 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  31.78 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  29.82 
 
 		 341 aa  72.4  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  29 
 
 		 402 aa  69.7  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  29.57 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  30 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  29.09 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  24.81 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  31.38 
 
 		 378 aa  66.6  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  27.35 
 
 		 369 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  30.85 
 
 		 276 aa  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  26.69 
 
 		 386 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  33.33 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  25.2 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  25.87 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  29.45 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  26.45 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  28.34 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  34.71 
 
 		 172 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.75 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  30.36 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  32.46 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  28.88 
 
 		 334 aa  62.8  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  30 
 
 		 390 aa  62.8  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  24.53 
 
 		 349 aa  62.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  26.78 
 
 		 367 aa  63.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  27.84 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 391 aa  60.8  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  31.85 
 
 		 159 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  28.3 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  24.24 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  27.96 
 
 		 392 aa  60.1  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1386  integrase family protein  25.61 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.114707  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  29.19 
 
 		 291 aa  58.9  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  30.34 
 
 		 304 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  28.48 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  30.61 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2312  hypothetical protein  23.39 
 
 		 364 aa  58.9  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  22.9 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2265  phage integrase family protein  32.76 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4792  phage integrase family protein  32.76 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2972  phage integrase family protein  32.76 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  27.38 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  30.34 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  26.34 
 
 		 463 aa  58.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  28.61 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  28.61 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  28.61 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  30.77 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1136  phage integrase family protein  27.4 
 
 		 513 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  26.78 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.21 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  28.92 
 
 		 383 aa  57.8  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  29.17 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  30.85 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  29.78 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  30.71 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  26.22 
 
 		 354 aa  57  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.07 
 
 		 376 aa  57  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.07 
 
 		 376 aa  57  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  24.4 
 
 		 387 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  27.21 
 
 		 327 aa  57  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  27.27 
 
 		 301 aa  57  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  30.26 
 
 		 387 aa  56.6  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  28.12 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  26.06 
 
 		 370 aa  56.6  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  24.32 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  36.23 
 
 		 325 aa  56.6  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  29.08 
 
 		 377 aa  56.6  0.0000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4219  phage integrase family protein  27.7 
 
 		 463 aa  56.2  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  30.69 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  28.65 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  26 
 
 		 411 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  26.86 
 
 		 369 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  26.86 
 
 		 369 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  28.93 
 
 		 321 aa  56.2  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>