More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2972 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008697  Noca_4792  phage integrase family protein  100 
 
 		 411 aa  828    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2265  phage integrase family protein  100 
 
 		 411 aa  828    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2972  phage integrase family protein  100 
 
 		 411 aa  828    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2147  phage integrase  58.09 
 
 		 411 aa  444  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3532  phage integrase  58.09 
 
 		 411 aa  444  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.346968  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4492  integrase family protein  47.18 
 
 		 422 aa  286  5e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5285  phage integrase family protein  45.2 
 
 		 388 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4520  phage integrase family protein  41.13 
 
 		 400 aa  258  9e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167996  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0993  phage integrase family protein  41.61 
 
 		 400 aa  253  6e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3611  integrase domain protein SAM domain protein  39.95 
 
 		 399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00442535  normal  0.0137307 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  30.41 
 
 		 367 aa  110  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4645  phage integrase family protein  30.52 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  27.17 
 
 		 364 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  27.17 
 
 		 364 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  24.28 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  27.22 
 
 		 395 aa  93.6  5e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  29.28 
 
 		 364 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5497  phage integrase family protein  29.03 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.052501 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0455  phage integrase family protein  29.03 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3589  phage integrase family protein  29.03 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127182 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  23.25 
 
 		 372 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  26.7 
 
 		 344 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  24.36 
 
 		 361 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  24.36 
 
 		 361 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  24.36 
 
 		 361 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  24.36 
 
 		 361 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  24.36 
 
 		 361 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  24.36 
 
 		 361 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  24.36 
 
 		 361 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  32.24 
 
 		 334 aa  82.4  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  32.24 
 
 		 334 aa  82.4  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  32.24 
 
 		 334 aa  82.4  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3734  phage integrase-like SAM-like  25.59 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  20.55 
 
 		 361 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  20.99 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  34.54 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  26.61 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  31.07 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  31.28 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.78 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  31.44 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  34.03 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.64 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3036  putative integrase/recombinase  39.6 
 
 		 128 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  34.69 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.65 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  29.11 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  29.11 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.84 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  29.11 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  27.57 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  25.84 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  29.59 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 336 aa  67  0.0000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  27.2 
 
 		 306 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  27.92 
 
 		 297 aa  66.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  29.26 
 
 		 308 aa  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.58 
 
 		 328 aa  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  26.17 
 
 		 305 aa  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  34.74 
 
 		 310 aa  66.2  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  27.38 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  31.19 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0967  phage integrase family protein  24.11 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  35.12 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  30.88 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  31.02 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.38 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  33.78 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  29.84 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  34.38 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.98 
 
 		 299 aa  62.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0242  Tn554-related, transposase A  21.48 
 
 		 519 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.19 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  32.61 
 
 		 308 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  28.17 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  31.79 
 
 		 317 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.47 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  25.7 
 
 		 274 aa  62  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  23.53 
 
 		 296 aa  62  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3318  integrase family protein  21.48 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000001885  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  32.12 
 
 		 291 aa  62  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.96 
 
 		 311 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>