More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3532 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2147  phage integrase  100 
 
 		 411 aa  811    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3532  phage integrase  100 
 
 		 411 aa  811    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.346968  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4792  phage integrase family protein  58.33 
 
 		 411 aa  461  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2265  phage integrase family protein  58.33 
 
 		 411 aa  461  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2972  phage integrase family protein  58.33 
 
 		 411 aa  461  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4492  integrase family protein  50.37 
 
 		 422 aa  317  3e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4520  phage integrase family protein  45.3 
 
 		 400 aa  294  2e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167996  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0993  phage integrase family protein  47.06 
 
 		 400 aa  292  9e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5285  phage integrase family protein  42.64 
 
 		 388 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3611  integrase domain protein SAM domain protein  40.79 
 
 		 399 aa  242  7e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00442535  normal  0.0137307 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  30.9 
 
 		 364 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  30.9 
 
 		 364 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  29.63 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  26.65 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  30.93 
 
 		 344 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  29.06 
 
 		 395 aa  97.4  4e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  24.87 
 
 		 361 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  24.53 
 
 		 361 aa  93.6  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  24.53 
 
 		 361 aa  93.6  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  24.53 
 
 		 361 aa  93.6  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  24.53 
 
 		 361 aa  93.6  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  24.53 
 
 		 361 aa  93.6  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  24.53 
 
 		 361 aa  93.6  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  24.53 
 
 		 361 aa  93.6  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  23.33 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  33.33 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3734  phage integrase-like SAM-like  29.71 
 
 		 323 aa  86.7  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3589  phage integrase family protein  28.08 
 
 		 349 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127182 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0455  phage integrase family protein  28.08 
 
 		 349 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5497  phage integrase family protein  28.08 
 
 		 349 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.052501 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  21.64 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  28.45 
 
 		 364 aa  84  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  24.48 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  27.13 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  35.16 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4645  phage integrase family protein  30.51 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3036  putative integrase/recombinase  44.23 
 
 		 128 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  28.57 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  33.16 
 
 		 299 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  27.58 
 
 		 300 aa  75.9  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.88 
 
 		 305 aa  76.3  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1703  phage integrase  33.33 
 
 		 285 aa  75.5  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  30.16 
 
 		 309 aa  76.3  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  27.37 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  30.73 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  31.02 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.62 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.02 
 
 		 450 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  36.73 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  28 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0967  phage integrase family protein  23.05 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  25.83 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  25.83 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  31.82 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  31.82 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  31.82 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  20.75 
 
 		 384 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  27.24 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  31.32 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  36.22 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  29.93 
 
 		 311 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  36.87 
 
 		 342 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.02 
 
 		 299 aa  72.8  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.94 
 
 		 330 aa  72.8  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  29.9 
 
 		 302 aa  72.4  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  29.9 
 
 		 302 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.8 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  25.53 
 
 		 299 aa  72  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  30.05 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1179  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.02 
 
 		 450 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000142279  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  31.03 
 
 		 286 aa  72  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  28.78 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  31.75 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  26.09 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  34.81 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  27.41 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  29.9 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  25.38 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.81 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1716  tyrosine recombinase XerD  33.49 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.500655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  23.17 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.95 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.76 
 
 		 305 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.24 
 
 		 333 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 300 aa  68.9  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  25.51 
 
 		 314 aa  69.7  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.36 
 
 		 277 aa  68.9  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.95 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>