More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3611 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3611  integrase domain protein SAM domain protein  100 
 
 		 399 aa  791    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00442535  normal  0.0137307 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5285  phage integrase family protein  46.3 
 
 		 388 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4792  phage integrase family protein  39.95 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2265  phage integrase family protein  39.95 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2972  phage integrase family protein  39.95 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2147  phage integrase  40.54 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3532  phage integrase  40.54 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.346968  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4492  integrase family protein  39.14 
 
 		 422 aa  219  6e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4520  phage integrase family protein  39.75 
 
 		 400 aa  209  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167996  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0993  phage integrase family protein  39.24 
 
 		 400 aa  205  1e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  28.73 
 
 		 395 aa  106  8e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3036  putative integrase/recombinase  41.98 
 
 		 128 aa  86.7  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  27.35 
 
 		 364 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  27.35 
 
 		 364 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3734  phage integrase-like SAM-like  28.57 
 
 		 323 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  27.56 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4645  phage integrase family protein  28.01 
 
 		 360 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  25.96 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  27.07 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  27.21 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  22.66 
 
 		 373 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  27.49 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  19.21 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  29.58 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3589  phage integrase family protein  26.44 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127182 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5497  phage integrase family protein  26.44 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.052501 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0455  phage integrase family protein  26.44 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3501  integrase family protein  32.34 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.14 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.93 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 298 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  26.97 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  30.52 
 
 		 295 aa  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  32.16 
 
 		 296 aa  66.2  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  35.14 
 
 		 295 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  28.4 
 
 		 302 aa  65.1  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.11 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  26.52 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  27.89 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  20.96 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  25.41 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  33.12 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  28.45 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  22.15 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07060  site-specific recombinase XerD  26.06 
 
 		 315 aa  62.8  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.273434 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  27.78 
 
 		 286 aa  62  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  27.08 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  22.19 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  27.08 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  27.08 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  28.02 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  32.22 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  29 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  32.28 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  29 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  26.52 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  29 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  29.15 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0018  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.95 
 
 		 358 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000485096  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5530  site-specific tyrosine recombinase XerS  29.25 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.267916  hitchhiker  0.00142122 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.08 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  32.69 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.66 
 
 		 325 aa  60.1  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.08 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.08 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.33 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  21.69 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  26.18 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1619  integrase family protein  28.92 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 336 aa  59.3  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.56 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  27.12 
 
 		 283 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.29 
 
 		 298 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  28.74 
 
 		 303 aa  59.3  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 		 254 aa  59.3  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  29.74 
 
 		 309 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 		 315 aa  59.7  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  29.1 
 
 		 305 aa  59.7  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  30.2 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  23.72 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  31.82 
 
 		 294 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  31.02 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  28.82 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  30.06 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.56 
 
 		 277 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  26.74 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  30.52 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.82 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.82 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  31.91 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  25 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>