More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0627 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  498  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  61.48 
 
 		 240 aa  310  9e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  53.72 
 
 		 240 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  53.72 
 
 		 240 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 242 aa  184  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  39.26 
 
 		 243 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  38.84 
 
 		 243 aa  177  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  38.84 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  34.98 
 
 		 243 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  33.2 
 
 		 244 aa  148  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 231 aa  141  8e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 265 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  35.17 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  34.32 
 
 		 242 aa  121  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 242 aa  121  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  32.22 
 
 		 246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  31.06 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  29.24 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  31.2 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  34.04 
 
 		 251 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  32.31 
 
 		 246 aa  99  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.29 
 
 		 307 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  28.09 
 
 		 248 aa  95.5  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  30.29 
 
 		 235 aa  92  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 260 aa  90.1  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.32 
 
 		 254 aa  90.1  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 247 aa  85.9  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 229 aa  85.5  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  26.25 
 
 		 246 aa  85.5  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  29.91 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  29.61 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  30.73 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  30.73 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  29 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.84 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  29.41 
 
 		 236 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  26.11 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  32.8 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  26.61 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  25.93 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  28.36 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49700  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  29.58 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  29.58 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  32.62 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.17 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.17 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  29.73 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  28.17 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.17 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  28.17 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  28.17 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  28.17 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  28.17 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.17 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  28.17 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  28.17 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.17 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.41 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.65 
 
 		 394 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.17 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 236 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  25.96 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  28.65 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.26 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.26 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  26.16 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>