More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_2839 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 307 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  82.08 
 
 		 309 aa  494  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  82.41 
 
 		 309 aa  496  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  82.41 
 
 		 309 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  79.42 
 
 		 311 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  75.56 
 
 		 318 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 		 321 aa  298  7e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  48.22 
 
 		 329 aa  285  9e-76  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  53.66 
 
 		 313 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  52.25 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  53.38 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  50.65 
 
 		 318 aa  280  3e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  54.93 
 
 		 308 aa  278  6e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  52.25 
 
 		 313 aa  278  6e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  52.25 
 
 		 313 aa  278  7e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 314 aa  278  7e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  52.96 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  52.19 
 
 		 316 aa  275  5e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  50.99 
 
 		 330 aa  275  7e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  50.7 
 
 		 318 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  51.86 
 
 		 312 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  51.02 
 
 		 314 aa  274  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  52.19 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  50.66 
 
 		 314 aa  271  9e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  51.64 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  51.48 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  51.22 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  50.66 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  50.52 
 
 		 318 aa  270  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 318 aa  270  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  51.57 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  53.18 
 
 		 313 aa  270  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  50.99 
 
 		 309 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  50.34 
 
 		 309 aa  269  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  50.87 
 
 		 318 aa  269  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 		 313 aa  269  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  52.96 
 
 		 313 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  49.01 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  54.44 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  47.88 
 
 		 325 aa  267  2e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  51.7 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  51.22 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  50.17 
 
 		 310 aa  265  5e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  53.04 
 
 		 317 aa  265  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  48.83 
 
 		 304 aa  265  5.999999999999999e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  52.26 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  51.01 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 347 aa  263  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  50.17 
 
 		 317 aa  263  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  51.21 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  50.87 
 
 		 313 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 351 aa  262  6e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  54.1 
 
 		 313 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  54.1 
 
 		 313 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  51.57 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  49.83 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  49.13 
 
 		 317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  48.5 
 
 		 312 aa  259  6e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  50.17 
 
 		 313 aa  258  7e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  47.94 
 
 		 310 aa  258  7e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  50.17 
 
 		 314 aa  258  9e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 311 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  48.84 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  51.23 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  48.33 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  46.69 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  49.47 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  47.67 
 
 		 310 aa  255  7e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  49.32 
 
 		 319 aa  255  8e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  46.95 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  50.7 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  48.08 
 
 		 309 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  45.16 
 
 		 311 aa  253  4.0000000000000004e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  47.18 
 
 		 309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  51.68 
 
 		 311 aa  252  5.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  48.43 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  46.13 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  48.98 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  48.23 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  47.1 
 
 		 326 aa  249  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  47.75 
 
 		 326 aa  248  6e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  47.77 
 
 		 312 aa  248  8e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  47.14 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  49.65 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  48.42 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  46.53 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1234  porphobilinogen deaminase  42.52 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0387484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>