More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2860 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3086  response regulator receiver protein  100 
 
 		 121 aa  230  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.342425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2860  response regulator receiver  100 
 
 		 121 aa  230  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.388237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2980  response regulator receiver protein  99.17 
 
 		 121 aa  229  9e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3997  response regulator receiver protein  91.74 
 
 		 121 aa  214  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0883649 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2198  response regulator receiver protein  85.95 
 
 		 127 aa  208  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.16592  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1157  response regulator receiver protein  83.47 
 
 		 127 aa  201  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116971  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5220  response regulator receiver protein  66.94 
 
 		 126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0941  response regulator receiver  64.46 
 
 		 125 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0665  response regulator receiver domain-containing protein  64.46 
 
 		 127 aa  157  4e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.709306  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1174  putative two-component response regulator  60.33 
 
 		 126 aa  156  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0574  response regulator receiver  63.87 
 
 		 130 aa  156  9e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0832  response regulator receiver domain-containing protein  66.37 
 
 		 125 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155773  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4869  response regulator receiver domain-containing protein  63.39 
 
 		 123 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.337506  normal  0.697748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3569  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 119 aa  130  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3862  response regulator receiver protein  53.72 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762525  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4023  two component response regulator  53.72 
 
 		 119 aa  126  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3094  response regulator receiver protein  52.89 
 
 		 121 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2540  response regulator receiver protein  57.02 
 
 		 119 aa  120  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.676292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1598  response regulator receiver protein  53.28 
 
 		 127 aa  114  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 121 aa  90.1  9e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0504  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 443 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.03 
 
 		 443 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141325  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0537  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.03 
 
 		 446 aa  87.4  7e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 		 811 aa  84  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 		 803 aa  83.6  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0863  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 118 aa  82.4  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 417 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0330192  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1998  response regulator receiver protein  47.2 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000230643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 		 793 aa  81.6  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2816  response regulator receiver protein  40.5 
 
 		 120 aa  80.5  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101903  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.66 
 
 		 221 aa  80.1  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2719  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0959171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.33 
 
 		 447 aa  79  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3108  response regulator receiver domain-containing protein  40.98 
 
 		 120 aa  79  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 906 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.15 
 
 		 680 aa  79  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3634  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 		 379 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0261897  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2379  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 446 aa  78.2  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373235  normal  0.0399931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  35.59 
 
 		 903 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 		 903 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 556 aa  77.4  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 		 925 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3325  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.745241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3624  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3739  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 		 379 aa  76.6  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1530  CheA signal transduction histidine kinases  36.13 
 
 		 803 aa  76.3  0.0000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  42.74 
 
 		 829 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0224  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 379 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 		 857 aa  76.3  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3746  chemotaxis response regulator  41.18 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.193057  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.04 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  41.32 
 
 		 120 aa  75.5  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  40.5 
 
 		 120 aa  75.1  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  40.5 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  41.07 
 
 		 939 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0611  response regulator receiver protein  37.7 
 
 		 121 aa  75.5  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1260  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 331 aa  75.1  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.208704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0135  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  40.5 
 
 		 120 aa  75.1  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0853  sensor histidine kinase/reponse regulator  34.55 
 
 		 845 aa  75.1  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00134282  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0845  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.32 
 
 		 508 aa  74.7  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.903712  hitchhiker  0.00198769 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 752 aa  74.7  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1278  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 452 aa  74.7  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.902353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3644  response regulator receiver protein  40 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00272169  normal  0.799381 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 958 aa  74.3  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  33.33 
 
 		 892 aa  74.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2109  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.14 
 
 		 515 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 		 556 aa  74.3  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.55 
 
 		 230 aa  73.9  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2107  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 768 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  38.66 
 
 		 945 aa  73.6  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  38.66 
 
 		 945 aa  73.6  0.0000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0087  two component transcriptional regulator  40.19 
 
 		 222 aa  73.6  0.0000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2463  two component sensor kinase  39.67 
 
 		 872 aa  73.6  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.899501  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 		 661 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0149  sensor histidine kinase/response regulator  39.5 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0302  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.97 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.21 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0043  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0842812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3276  response regulator receiver  38.66 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3600  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2946  response regulator receiver  38.84 
 
 		 135 aa  72  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2980  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3474  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.790484 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1525  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 		 872 aa  72.4  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4515  response regulator receiver domain-containing protein  38.84 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.403365  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4356  response regulator receiver  38.84 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00220083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1143  response regulator receiver domain-containing protein  38.84 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1391  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  38.84 
 
 		 119 aa  72  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00446889  normal  0.206531 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4519  response regulator receiver  40.74 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.135212  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0612  response regulator  38.84 
 
 		 120 aa  72.4  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 766 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0202  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 		 374 aa  72  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101669 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0852  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 		 1055 aa  71.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 770 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0781  response regulator receiver domain-containing protein  38.84 
 
 		 119 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.394955 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 661 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>