More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00403 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00403  Amino acid permease-associated region  100 
 
 		 441 aa  877    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.613152  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1932  amino acid transporter  66.67 
 
 		 437 aa  613  9.999999999999999e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.392371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1908  amino acid permease-associated region  66.29 
 
 		 440 aa  601  1e-170  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00117224  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0129  amino acid permease-associated region  53.23 
 
 		 451 aa  479  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2108  amino acid permease-associated region  53.47 
 
 		 445 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3604  amino acid permease-associated region  55.24 
 
 		 445 aa  464  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.466276 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3942  amino acid permease-associated region  55.24 
 
 		 445 aa  464  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0181  amino acid permease-associated region  53.56 
 
 		 443 aa  444  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1735  amino acid permease-associated region  47.02 
 
 		 452 aa  387  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51734  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2649  amino acid permease-associated region  48.77 
 
 		 450 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2694  amino acid permease-associated region  48.77 
 
 		 450 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0425419 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2678  amino acid permease-associated region  47.62 
 
 		 420 aa  336  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0723531  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00437  predicted transporter  29.98 
 
 		 430 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.936072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0579  amino acid permease family protein  29.98 
 
 		 430 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0525  amino acid permease family protein  29.98 
 
 		 430 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00442  hypothetical protein  29.98 
 
 		 430 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3124  amino acid permease-associated region  29.98 
 
 		 430 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.554048  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0565  amino acid permease family protein  29.98 
 
 		 430 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3130  amino acid permease-associated region  29.98 
 
 		 430 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  hitchhiker  0.000108674 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0529  amino acid permease family protein  29.98 
 
 		 430 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0421  amino acid permease family protein  29.75 
 
 		 430 aa  169  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0717  amino acid permease-associated region  28.02 
 
 		 434 aa  144  3e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.00000167398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1136  amino acid permease-associated region  27.98 
 
 		 447 aa  143  8e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.304278 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0069  amino acid transporter  30.83 
 
 		 433 aa  139  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.266806  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0278  amino acid permease-associated region  29.19 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0803  amino acid transporter  32.43 
 
 		 429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1272  amino acid permease-associated region  27.55 
 
 		 431 aa  109  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1315  amino acid permease-associated region  26.36 
 
 		 441 aa  106  8e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.172576  normal  0.0920117 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0385  amino acid permease-associated region  25.34 
 
 		 453 aa  105  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000859435  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  28.57 
 
 		 439 aa  100  5e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1066  amino acid permease-associated region  27.1 
 
 		 425 aa  100  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0333  hypothetical protein  27.44 
 
 		 394 aa  95.9  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  26.52 
 
 		 394 aa  93.6  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  31.17 
 
 		 422 aa  92.8  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3650  putative amino acid permease  26.8 
 
 		 413 aa  90.1  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0624  hypothetical protein  29.78 
 
 		 411 aa  89  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1611  amino acid permease-associated region  27.63 
 
 		 479 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  24.62 
 
 		 446 aa  87.8  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2379  amino acid permease-associated region  26.63 
 
 		 437 aa  87  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0365952 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  26.39 
 
 		 461 aa  87  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  27.97 
 
 		 436 aa  84.7  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30460  amino acid transporter  28.17 
 
 		 482 aa  84.7  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5386  amino acid permease-associated region  26.85 
 
 		 483 aa  84.7  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0059  amino acid permease-associated region  26.11 
 
 		 493 aa  84.3  0.000000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.32682  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3301  amino acid permease-associated region  29.06 
 
 		 483 aa  83.6  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.475008  hitchhiker  0.00374937 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1055  amino acid permease-associated region  28.42 
 
 		 427 aa  83.6  0.000000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.123493  hitchhiker  0.0000000766356 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  25.88 
 
 		 489 aa  83.6  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1042  amino acid permease-associated region  27.03 
 
 		 773 aa  82.4  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534613  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1855  amino acid transporter  24.74 
 
 		 443 aa  82.8  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.599049  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1318  amino acid transporter  24.8 
 
 		 461 aa  82.4  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00693769  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  25.37 
 
 		 716 aa  81.3  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1584  amino acid permease-associated region  25.53 
 
 		 796 aa  81.3  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3419  putative amino acid permease  26.83 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7626  amino acid permease-associated region  25.2 
 
 		 455 aa  79.7  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452611  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4951  amino acid permease-associated region  28.46 
 
 		 470 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0545959  normal  0.179686 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4568  amino acid permease-associated region  28.46 
 
 		 470 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4656  amino acid permease-associated region  28.46 
 
 		 470 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.465533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2084  amino acid permease-associated region  25.92 
 
 		 770 aa  79  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23590  amino acid transporter  26.19 
 
 		 454 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.160802 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0522  amino acid permease-associated region  25.14 
 
 		 472 aa  77.4  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3228  amino acid permease-associated region  24.55 
 
 		 473 aa  76.6  0.0000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1266  amino acid permease-associated region  28.75 
 
 		 474 aa  76.3  0.0000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15980  amino acid transporter  26.92 
 
 		 461 aa  76.6  0.0000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.133211  normal  0.0674026 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1612  amino acid permease-associated region  26.72 
 
 		 452 aa  75.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000949107  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3097  amino acid permease-associated region  28.35 
 
 		 502 aa  75.9  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0195  amino acid permease-associated region  28.61 
 
 		 745 aa  74.7  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15324  predicted protein  27.5 
 
 		 378 aa  75.1  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.101081  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0070  amino acid transporter  28.94 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.462473  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  26.54 
 
 		 449 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3085  amino acid permease-associated region  26.03 
 
 		 515 aa  74.7  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1779  hypothetical protein  25.16 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.06 
 
 		 486 aa  73.6  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2785  amino acid permease-associated region  25.27 
 
 		 520 aa  73.6  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0177971 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  23.44 
 
 		 500 aa  73.2  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1710  amino acid permease-associated region  26.35 
 
 		 418 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000301061  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1961  amino acid permease-associated region  24.05 
 
 		 469 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0292842  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0993  amino acid permease-associated region  23.36 
 
 		 473 aa  71.6  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0321  amino acid permease family protein  25.39 
 
 		 460 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0838341  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3324  amino acid permease-associated region  29.22 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4427  amino acid permease-associated region  24.68 
 
 		 452 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.181856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2530  amino acid permease-associated region  26.15 
 
 		 449 aa  70.9  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.480015  normal  0.105308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4115  amino acid permease-associated region  26.79 
 
 		 516 aa  70.5  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  29.19 
 
 		 455 aa  70.1  0.00000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  26.32 
 
 		 786 aa  69.7  0.00000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1394  amino acid permease-associated region  24 
 
 		 443 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4824  amino acid permease-associated region  29.02 
 
 		 641 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.477626 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4173  amino acid permease-associated region  24.92 
 
 		 429 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.235964  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3914  amino acid permease-associated region  27.4 
 
 		 472 aa  68.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.728641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  28.04 
 
 		 490 aa  68.6  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4334  amino acid permease-associated region  25.8 
 
 		 487 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.313346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0128  amino acid permease-associated region  24.66 
 
 		 443 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1733  amino acid permease-associated region  27.5 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0204884 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2477  amino acid permease-associated region  25.94 
 
 		 545 aa  67.8  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000817564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2526  amino acid permease-associated region  25.94 
 
 		 545 aa  67.8  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000127161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2106  amino acid permease family protein  25.91 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1095  amino acid permease  27.39 
 
 		 441 aa  67  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3131  amino acid permease family protein  25.91 
 
 		 471 aa  67  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0009  amino acid permease-associated region  25.14 
 
 		 474 aa  67  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  21.43 
 
 		 456 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0681  amino acid permease-associated region  30.61 
 
 		 195 aa  67  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>