More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1932 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1908  amino acid permease-associated region  72.73 
 
 		 440 aa  643    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00117224  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1932  amino acid transporter  100 
 
 		 437 aa  873    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.392371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00403  Amino acid permease-associated region  66.67 
 
 		 441 aa  613  9.999999999999999e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.613152  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2108  amino acid permease-associated region  58.64 
 
 		 445 aa  505  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0129  amino acid permease-associated region  57.97 
 
 		 451 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3942  amino acid permease-associated region  57.44 
 
 		 445 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3604  amino acid permease-associated region  57.44 
 
 		 445 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.466276 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0181  amino acid permease-associated region  56.18 
 
 		 443 aa  461  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1735  amino acid permease-associated region  45.91 
 
 		 452 aa  362  1e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51734  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2649  amino acid permease-associated region  48.37 
 
 		 450 aa  353  2e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2694  amino acid permease-associated region  48.37 
 
 		 450 aa  353  2e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0425419 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2678  amino acid permease-associated region  47.39 
 
 		 420 aa  322  6e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0723531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0529  amino acid permease family protein  27.97 
 
 		 430 aa  143  6e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00437  predicted transporter  27.97 
 
 		 430 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.936072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3124  amino acid permease-associated region  28.1 
 
 		 430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.554048  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3130  amino acid permease-associated region  28.1 
 
 		 430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  hitchhiker  0.000108674 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00442  hypothetical protein  27.97 
 
 		 430 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0525  amino acid permease family protein  28.1 
 
 		 430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0565  amino acid permease family protein  28.1 
 
 		 430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0579  amino acid permease family protein  27.97 
 
 		 430 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0421  amino acid permease family protein  28.97 
 
 		 430 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1136  amino acid permease-associated region  28.94 
 
 		 447 aa  138  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.304278 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0717  amino acid permease-associated region  27.51 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.00000167398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0069  amino acid transporter  32.97 
 
 		 433 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.266806  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0278  amino acid permease-associated region  29.06 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0803  amino acid transporter  32.49 
 
 		 429 aa  114  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1315  amino acid permease-associated region  28.86 
 
 		 441 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.172576  normal  0.0920117 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1272  amino acid permease-associated region  27.44 
 
 		 431 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  25.56 
 
 		 394 aa  94.7  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0333  hypothetical protein  24.19 
 
 		 394 aa  94.7  3e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3650  putative amino acid permease  26.93 
 
 		 413 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  30.29 
 
 		 439 aa  94  5e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1066  amino acid permease-associated region  28.25 
 
 		 425 aa  89.7  9e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2530  amino acid permease-associated region  25.47 
 
 		 449 aa  89.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.480015  normal  0.105308 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  29.2 
 
 		 716 aa  88.6  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4095  amino acid permease  24.67 
 
 		 471 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0070  amino acid transporter  31.86 
 
 		 279 aa  87.4  4e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.462473  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  27.06 
 
 		 471 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  27.06 
 
 		 471 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  27.06 
 
 		 471 aa  86.7  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  26.25 
 
 		 436 aa  85.9  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  23.71 
 
 		 489 aa  84  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1779  hypothetical protein  27.3 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1855  amino acid transporter  26.6 
 
 		 443 aa  83.6  0.000000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.599049  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0624  hypothetical protein  28 
 
 		 411 aa  82.8  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4427  amino acid permease-associated region  29.6 
 
 		 452 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.181856  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2897  amino acid permease  27.78 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0279038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2106  amino acid permease family protein  27.43 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0507  amino acid permease-associated region  26.02 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778672  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4706  alanine permease  26.02 
 
 		 471 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.34441 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3131  amino acid permease family protein  27.43 
 
 		 471 aa  80.1  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  24.94 
 
 		 471 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  24.94 
 
 		 471 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2849  amino acid permease  27.08 
 
 		 471 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.714889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3163  amino acid permease family protein  27.08 
 
 		 471 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5386  amino acid permease-associated region  29.31 
 
 		 483 aa  79  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  24.74 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  24.74 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  24.74 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  24.74 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  29.29 
 
 		 786 aa  78.6  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  24.74 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1840  amino acid transporter  28 
 
 		 466 aa  79  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2379  amino acid permease-associated region  26.49 
 
 		 437 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0365952 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1055  amino acid permease-associated region  26.65 
 
 		 427 aa  77.8  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.123493  hitchhiker  0.0000000766356 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  25.75 
 
 		 471 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2730  amino acid permease-associated region  26.37 
 
 		 725 aa  77.4  0.0000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.207919  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  27.6 
 
 		 461 aa  77.4  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1710  amino acid permease-associated region  23.86 
 
 		 418 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000301061  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  24.74 
 
 		 446 aa  77.4  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1961  amino acid permease-associated region  27.04 
 
 		 469 aa  77  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0292842  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3419  putative amino acid permease  27.5 
 
 		 425 aa  77  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1611  amino acid permease-associated region  26.62 
 
 		 479 aa  76.6  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0522  amino acid permease-associated region  23.1 
 
 		 472 aa  76.6  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2084  amino acid permease-associated region  25.21 
 
 		 770 aa  76.6  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  25.24 
 
 		 422 aa  76.3  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7626  amino acid permease-associated region  28.22 
 
 		 455 aa  76.6  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452611  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.37 
 
 		 486 aa  75.9  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0156  amino acid permease-associated region  23.6 
 
 		 462 aa  75.1  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.041937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0195  amino acid permease-associated region  27.66 
 
 		 745 aa  75.5  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0631  amino acid permease family protein  25.95 
 
 		 471 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.279847  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  26.92 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1252  amino acid permease-associated region  26.14 
 
 		 481 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0059  amino acid permease-associated region  25.48 
 
 		 493 aa  73.9  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.32682  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3097  amino acid permease-associated region  26.33 
 
 		 502 aa  73.9  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4115  amino acid permease-associated region  25.79 
 
 		 516 aa  73.9  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1733  amino acid permease-associated region  25.75 
 
 		 421 aa  73.6  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0204884 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0385  amino acid permease-associated region  22.65 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000859435  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1002  amino acid permease-associated region  25.26 
 
 		 499 aa  73.2  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4951  amino acid permease-associated region  30.21 
 
 		 470 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0545959  normal  0.179686 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30460  amino acid transporter  28.27 
 
 		 482 aa  72  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0128  amino acid permease-associated region  25.94 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4568  amino acid permease-associated region  30.21 
 
 		 470 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1808  amino acid transporter  27.07 
 
 		 465 aa  71.6  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000076298  hitchhiker  0.0000000000409798 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4656  amino acid permease-associated region  30.21 
 
 		 470 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.465533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1612  amino acid permease-associated region  30.9 
 
 		 452 aa  71.2  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000949107  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3301  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 483 aa  71.6  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.475008  hitchhiker  0.00374937 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3324  amino acid permease-associated region  29.79 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23590  amino acid transporter  25.74 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.160802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5163  amino acid permease family protein  25 
 
 		 437 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>