More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4115 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6322  amino acid permease-associated region  70.99 
 
 
503 aa  655    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.393049  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21440  amino acid transporter  62.94 
 
 
512 aa  636    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.250254 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4115  amino acid permease-associated region  100 
 
 
516 aa  1025    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4722  amino acid permease-associated region  66.46 
 
 
503 aa  620  1e-176  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.699782 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3641  amino acid permease-associated region  62.18 
 
 
513 aa  597  1e-169  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1740  amino acid permease-associated region  67.84 
 
 
493 aa  597  1e-169  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.327226  normal  0.532509 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1191  amino acid permease-associated region  64.07 
 
 
499 aa  591  1e-167  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1332  amino acid permease-associated region  68.43 
 
 
490 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.454402  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1349  amino acid permease-associated region  68.43 
 
 
490 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923637  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1368  amino acid permease-associated region  68.43 
 
 
490 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4360  amino acid permease-associated region  62.8 
 
 
686 aa  573  1.0000000000000001e-162  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120164  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13282  cationic amino acid transport integral membrane protein  61.57 
 
 
495 aa  555  1e-157  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.260226 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4164  amino acid permease-associated region  62.08 
 
 
537 aa  539  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.696427  normal  0.49431 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  55.56 
 
 
489 aa  527  1e-148  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2785  amino acid permease-associated region  51.26 
 
 
520 aa  509  1e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0177971 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3085  amino acid permease-associated region  50.96 
 
 
515 aa  510  1e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  56.08 
 
 
500 aa  498  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0130  amino acid permease-associated region  54.18 
 
 
515 aa  492  9.999999999999999e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389745  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2714  amino acid permease-associated region  53.91 
 
 
521 aa  488  1e-137  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.101766  normal  0.124746 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2011  putative cationic amino acid transporter  53.93 
 
 
500 aa  474  1e-132  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0241  amino acid permease  50.48 
 
 
543 aa  454  1.0000000000000001e-126  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1758  amino acid permease-associated region  54 
 
 
495 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120604  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2269  amino acid permease-associated region  53.09 
 
 
492 aa  451  1e-125  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.841553  normal  0.0284439 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2013  amino acid permease-associated region  53.94 
 
 
501 aa  449  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0943155  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2857  amino acid permease-associated region  53.15 
 
 
504 aa  449  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1815  amino acid permease-associated region  52.92 
 
 
491 aa  437  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1683  amino acid transporter  49.49 
 
 
508 aa  436  1e-121  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000204712  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4179  amino acid permease-associated region  51.12 
 
 
517 aa  434  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.27139 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2114  amino acid permease-associated region  47.61 
 
 
485 aa  417  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.590902  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1603  amino acid permease-associated region  45.24 
 
 
494 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0963262  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1510  amino acid permease-associated region  43.96 
 
 
495 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0831  amino acid permease-associated region  45.45 
 
 
476 aa  402  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0923  amino acid permease  43.87 
 
 
495 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  41.26 
 
 
490 aa  399  9.999999999999999e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1609  amino acid permease-associated region  44.38 
 
 
495 aa  396  1e-109  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  43.75 
 
 
476 aa  391  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1720  amino acid permease-associated region  45.13 
 
 
471 aa  389  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1651  amino acid permease-associated region  43.69 
 
 
501 aa  382  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3597  amino acid permease-associated region  41.45 
 
 
549 aa  382  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.333154 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  43.79 
 
 
476 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1588  amino-acid transporter transmembrane protein  43.81 
 
 
476 aa  378  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440422  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1308  amino acid permease  45.69 
 
 
497 aa  377  1e-103  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1000  amino acid permease-associated region  41.18 
 
 
566 aa  378  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0779  amino acid permease family protein  43.06 
 
 
467 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6404  amino acid tranporter  45.66 
 
 
468 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0818  amino acid permease family protein  43.06 
 
 
467 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4919  amino acid permease-associated region  40 
 
 
496 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  42.97 
 
 
482 aa  375  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4455  amino acid permease-associated region  40 
 
 
496 aa  373  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  45.25 
 
 
468 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0909  amino acid permease family protein  43.06 
 
 
467 aa  369  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0728  amino acid permease  42.86 
 
 
467 aa  370  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0714  amino acid permease  43.27 
 
 
467 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0250  amino acid permease-associated region  43.46 
 
 
465 aa  372  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0914  amino acid permease family protein  43.06 
 
 
467 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.43784e-41 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0207  amino acid permease-associated region  42.86 
 
 
469 aa  372  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0872  amino acid permease family protein  43 
 
 
467 aa  370  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2442  amino acid permease-associated region  45.25 
 
 
468 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3056  amino acid permease-associated region  45.25 
 
 
468 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.738455  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0983  amino acid permease family protein  43.27 
 
 
467 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3053  amino acid permease-associated region  45.05 
 
 
466 aa  369  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4463  amino acid permease family protein  42.65 
 
 
467 aa  366  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.821822 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  45.25 
 
 
466 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2967  amino acid permease-associated region  44.85 
 
 
466 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.799342  normal  0.23719 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1408  cationic amino acid transporter  41.51 
 
 
483 aa  367  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0734654  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06077  cationic amino acid transporter  40.31 
 
 
486 aa  365  1e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00275694  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00850  cationic amino acid transporter  40.31 
 
 
486 aa  365  1e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000549978  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1341  amino acid permease-associated region  41.72 
 
 
496 aa  365  1e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3581  amino acid transport protein  40.83 
 
 
480 aa  364  2e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0683236  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  39.54 
 
 
506 aa  363  4e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0026  hypothetical protein  40.6 
 
 
463 aa  362  8e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  40.77 
 
 
463 aa  362  9e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0728  amino acid permease-associated region  42.45 
 
 
467 aa  361  2e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3353  amino acid permease-associated region  39.72 
 
 
486 aa  361  2e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.87626 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0096  amino acid permease-associated region  45.11 
 
 
466 aa  360  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5815  amino acid permease-associated region  42.34 
 
 
465 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327327  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4969  amino acid permease-associated region  39.65 
 
 
496 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5170  amino acid permease-associated region  39.96 
 
 
502 aa  355  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.892102 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0907  amino acid transporter  41.03 
 
 
486 aa  354  2e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.555245  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1162  amino acid permease-associated region  42.57 
 
 
518 aa  355  2e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.352905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0424  amino acid permease  44.44 
 
 
467 aa  352  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386355  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0208  amino acid permease  44.65 
 
 
467 aa  352  8e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0230  amino acid permease  44.44 
 
 
467 aa  352  8e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0242  amino acid permease  44.44 
 
 
467 aa  352  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557003  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0651  amino acid permease-associated region  43.2 
 
 
481 aa  351  2e-95  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3289  amino acid permease  44.24 
 
 
467 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.549076  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3392  amino acid permease  44.24 
 
 
467 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2954  amino acid permease  44.24 
 
 
467 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2134  amino acid permease  44.24 
 
 
467 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4348  basic amino acid transporter  46.06 
 
 
463 aa  350  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.190712 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1785  amino acid permease-associated region  42.07 
 
 
491 aa  350  4e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  40.49 
 
 
471 aa  349  5e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  39.96 
 
 
471 aa  349  8e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  39.96 
 
 
471 aa  349  8e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  39.96 
 
 
471 aa  349  8e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  39.96 
 
 
471 aa  349  8e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  39.96 
 
 
471 aa  349  8e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1168  amino acid transporter  40.33 
 
 
478 aa  349  8e-95  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0306264  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  40.16 
 
 
471 aa  348  9e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2749  amino acid permease-associated region  40.36 
 
 
481 aa  348  1e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.557083  normal  0.633141 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>