More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0241 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1683  amino acid transporter  74.13 
 
 		 508 aa  714    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000204712  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0241  amino acid permease  100 
 
 		 543 aa  1082    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0130  amino acid permease-associated region  61.02 
 
 		 515 aa  581  1.0000000000000001e-165  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2714  amino acid permease-associated region  61.6 
 
 		 521 aa  570  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.101766  normal  0.124746 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2785  amino acid permease-associated region  54.91 
 
 		 520 aa  553  1e-156  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0177971 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3085  amino acid permease-associated region  56.55 
 
 		 515 aa  553  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21440  amino acid transporter  51.78 
 
 		 512 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.250254 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6322  amino acid permease-associated region  51.02 
 
 		 503 aa  477  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.393049  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4722  amino acid permease-associated region  53.54 
 
 		 503 aa  475  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.699782 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3641  amino acid permease-associated region  53.72 
 
 		 513 aa  473  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4115  amino acid permease-associated region  50.48 
 
 		 516 aa  472  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  48.17 
 
 		 489 aa  463  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1740  amino acid permease-associated region  54.3 
 
 		 493 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.327226  normal  0.532509 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4164  amino acid permease-associated region  53.78 
 
 		 537 aa  456  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.696427  normal  0.49431 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1191  amino acid permease-associated region  51.52 
 
 		 499 aa  452  1.0000000000000001e-126  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4360  amino acid permease-associated region  50.6 
 
 		 686 aa  444  1e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120164  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  48.89 
 
 		 500 aa  439  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1368  amino acid permease-associated region  51.93 
 
 		 490 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1332  amino acid permease-associated region  51.93 
 
 		 490 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.454402  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1349  amino acid permease-associated region  51.93 
 
 		 490 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923637  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2269  amino acid permease-associated region  47.88 
 
 		 492 aa  427  1e-118  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.841553  normal  0.0284439 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13282  cationic amino acid transport integral membrane protein  48.79 
 
 		 495 aa  426  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.260226 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4179  amino acid permease-associated region  50.82 
 
 		 517 aa  423  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.27139 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2011  putative cationic amino acid transporter  49.9 
 
 		 500 aa  419  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2857  amino acid permease-associated region  46.55 
 
 		 504 aa  405  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1815  amino acid permease-associated region  47.89 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1758  amino acid permease-associated region  44.22 
 
 		 495 aa  384  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2013  amino acid permease-associated region  45.23 
 
 		 501 aa  375  1e-102  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0943155  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1651  amino acid permease-associated region  40.62 
 
 		 501 aa  364  3e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2114  amino acid permease-associated region  41.57 
 
 		 485 aa  363  5.0000000000000005e-99  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.590902  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1603  amino acid permease-associated region  42.46 
 
 		 494 aa  360  4e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0963262  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  37.65 
 
 		 490 aa  360  4e-98  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1510  amino acid permease-associated region  40.71 
 
 		 495 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0831  amino acid permease-associated region  41.94 
 
 		 476 aa  353  5e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  39.76 
 
 		 476 aa  353  5e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4455  amino acid permease-associated region  39.01 
 
 		 496 aa  350  3e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4919  amino acid permease-associated region  39.01 
 
 		 496 aa  350  3e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1720  amino acid permease-associated region  40.2 
 
 		 471 aa  349  7e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1609  amino acid permease-associated region  41.63 
 
 		 495 aa  348  1e-94  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  39.84 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  39.84 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  39.84 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  39.84 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  39.84 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  39.63 
 
 		 471 aa  347  3e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  39.63 
 
 		 471 aa  347  4e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  40.32 
 
 		 476 aa  346  6e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0779  amino acid permease family protein  39.03 
 
 		 467 aa  345  2e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0714  amino acid permease  39.24 
 
 		 467 aa  344  2e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0818  amino acid permease family protein  39.03 
 
 		 467 aa  345  2e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  38.38 
 
 		 471 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  38.38 
 
 		 471 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  38.38 
 
 		 471 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0914  amino acid permease family protein  39.03 
 
 		 467 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.43784e-41 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1588  amino-acid transporter transmembrane protein  39.36 
 
 		 476 aa  343  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440422  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0728  amino acid permease  39.03 
 
 		 467 aa  342  1e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3597  amino acid permease-associated region  38.78 
 
 		 549 aa  342  1e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.333154 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0507  amino acid permease-associated region  39.02 
 
 		 471 aa  341  2e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778672  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0907  amino acid transporter  39.17 
 
 		 486 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.555245  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0983  amino acid permease family protein  39.31 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0909  amino acid permease family protein  39.03 
 
 		 467 aa  340  5e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0923  amino acid permease  40.92 
 
 		 495 aa  340  5e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  38.46 
 
 		 471 aa  339  8e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4706  alanine permease  38.49 
 
 		 471 aa  339  9e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.34441 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4095  amino acid permease  37.52 
 
 		 471 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0258  amino acid permease  39.68 
 
 		 471 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000104623  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5067  amino acid permease  39.68 
 
 		 471 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000115655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1930  amino acid permease-associated region  40.28 
 
 		 489 aa  337  3.9999999999999995e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5815  amino acid permease-associated region  39.52 
 
 		 465 aa  336  7.999999999999999e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327327  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0277  amino acid transporter, cationic amino acid transporter (CAT) family  39.72 
 
 		 471 aa  335  1e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3053  amino acid permease-associated region  39.8 
 
 		 466 aa  335  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4969  amino acid permease-associated region  39.01 
 
 		 496 aa  335  2e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0872  amino acid permease family protein  39.34 
 
 		 467 aa  333  4e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0728  amino acid permease-associated region  39.1 
 
 		 467 aa  333  4e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0026  hypothetical protein  37.33 
 
 		 463 aa  333  5e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6404  amino acid tranporter  38.94 
 
 		 468 aa  333  5e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0263  amino acid permease  39.52 
 
 		 471 aa  333  6e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000358452  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0250  amino acid permease-associated region  39.2 
 
 		 465 aa  333  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  37.33 
 
 		 463 aa  332  1e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  39.72 
 
 		 482 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3131  amino acid permease family protein  38.79 
 
 		 471 aa  331  2e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2897  amino acid permease  38.59 
 
 		 471 aa  331  2e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0279038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2106  amino acid permease family protein  38.59 
 
 		 471 aa  331  2e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4463  amino acid permease family protein  38.43 
 
 		 467 aa  331  2e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.821822 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3163  amino acid permease family protein  38.99 
 
 		 471 aa  331  2e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3353  amino acid permease-associated region  36.8 
 
 		 486 aa  330  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.87626 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2442  amino acid permease-associated region  38.81 
 
 		 468 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  38.81 
 
 		 468 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3056  amino acid permease-associated region  38.81 
 
 		 468 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.738455  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1000  amino acid permease-associated region  37.55 
 
 		 566 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  39.01 
 
 		 466 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1168  amino acid transporter  38.89 
 
 		 478 aa  330  5.0000000000000004e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0306264  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2849  amino acid permease  38.79 
 
 		 471 aa  329  6e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.714889  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2967  amino acid permease-associated region  39.01 
 
 		 466 aa  329  6e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.799342  normal  0.23719 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0096  amino acid permease-associated region  40.28 
 
 		 466 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0207  amino acid permease-associated region  38.2 
 
 		 469 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1308  amino acid permease  42.27 
 
 		 497 aa  326  6e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3137  amino acid permease-associated region  40.43 
 
 		 663 aa  325  1e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0382789  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  36.57 
 
 		 506 aa  325  2e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3685  amino acid permease  38.8 
 
 		 460 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>