More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4334 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4334  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 487 aa  975    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.313346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0059  amino acid permease-associated region  70.06 
 
 		 493 aa  605  9.999999999999999e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.32682  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5386  amino acid permease-associated region  64.89 
 
 		 483 aa  545  1e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3301  amino acid permease-associated region  65.97 
 
 		 483 aa  533  1e-150  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.475008  hitchhiker  0.00374937 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3097  amino acid permease-associated region  59.4 
 
 		 502 aa  518  1e-146  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15980  amino acid transporter  60.39 
 
 		 461 aa  505  9.999999999999999e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.133211  normal  0.0674026 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1611  amino acid permease-associated region  63.5 
 
 		 479 aa  498  1e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0009  amino acid permease-associated region  62.39 
 
 		 474 aa  480  1e-134  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4951  amino acid permease-associated region  61.64 
 
 		 470 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0545959  normal  0.179686 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4568  amino acid permease-associated region  61.64 
 
 		 470 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4656  amino acid permease-associated region  61.64 
 
 		 470 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.465533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0993  amino acid permease-associated region  60.25 
 
 		 473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30460  amino acid transporter  55 
 
 		 482 aa  458  1e-127  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5147  amino acid permease-associated region  61.17 
 
 		 478 aa  449  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0522  amino acid permease-associated region  56.77 
 
 		 472 aa  420  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  53.98 
 
 		 446 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3914  amino acid permease-associated region  54.65 
 
 		 472 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.728641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23590  amino acid transporter  51.3 
 
 		 454 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.160802 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  52.75 
 
 		 461 aa  370  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7626  amino acid permease-associated region  50.72 
 
 		 455 aa  371  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452611  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1612  amino acid permease-associated region  49.77 
 
 		 452 aa  368  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000949107  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4923  amino acid permease-associated region  46.1 
 
 		 475 aa  322  9.999999999999999e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.441557  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2340  amino acid permease-associated region  45.01 
 
 		 506 aa  291  1e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4427  amino acid permease-associated region  43.5 
 
 		 452 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.181856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1097  amino acid permease-associated region  46.32 
 
 		 446 aa  279  9e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.253911  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2793  amino acid permease-associated region  40.31 
 
 		 438 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2379  amino acid permease-associated region  43.35 
 
 		 437 aa  272  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0365952 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3324  amino acid permease-associated region  39.52 
 
 		 451 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5562  amino acid permease-associated region  42.96 
 
 		 451 aa  246  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5181  amino acid permease-associated region  40.7 
 
 		 451 aa  246  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215843  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5270  amino acid permease-associated region  40.7 
 
 		 451 aa  246  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0240  amino acid permease-associated region  41.36 
 
 		 439 aa  241  2e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159585 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05480  amino acid transporter  40.83 
 
 		 454 aa  238  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31800  amino acid transporter  40.41 
 
 		 433 aa  236  9e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.68054  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0084  amino acid permease-associated region  42.15 
 
 		 449 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.687355  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  34.43 
 
 		 436 aa  194  2e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1710  amino acid permease-associated region  32.46 
 
 		 418 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000301061  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  32 
 
 		 422 aa  177  4e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  30.47 
 
 		 439 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0624  hypothetical protein  32.37 
 
 		 411 aa  172  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1779  hypothetical protein  33.88 
 
 		 412 aa  166  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  33.24 
 
 		 394 aa  164  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0333  hypothetical protein  32.93 
 
 		 394 aa  160  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3650  putative amino acid permease  31.59 
 
 		 413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3419  putative amino acid permease  31.41 
 
 		 425 aa  144  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0053  amino acid permease-associated region  33.33 
 
 		 445 aa  133  6e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1930  amino acid permease-associated region  28 
 
 		 463 aa  119  9e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000372004  hitchhiker  0.00366235 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  27 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1510  amino acid permease-associated region  26.71 
 
 		 495 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1408  cationic amino acid transporter  26.44 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0734654  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1341  amino acid permease-associated region  26.89 
 
 		 496 aa  114  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1609  amino acid permease-associated region  27.27 
 
 		 495 aa  114  5e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1603  amino acid permease-associated region  25.78 
 
 		 494 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0963262  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1588  amino-acid transporter transmembrane protein  29.09 
 
 		 476 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  26.71 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  26.71 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  26.71 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  26.71 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  26.71 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  26.26 
 
 		 471 aa  111  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  26.71 
 
 		 471 aa  111  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  27.21 
 
 		 500 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  27.27 
 
 		 476 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  26.71 
 
 		 471 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  26.07 
 
 		 490 aa  109  1e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  26.52 
 
 		 489 aa  109  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3597  amino acid permease-associated region  24.8 
 
 		 549 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.333154 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4706  alanine permease  26.26 
 
 		 471 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.34441 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0507  amino acid permease-associated region  25.8 
 
 		 471 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778672  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1785  amino acid permease-associated region  26.8 
 
 		 491 aa  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4095  amino acid permease  27.04 
 
 		 471 aa  106  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  25.47 
 
 		 506 aa  105  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5067  amino acid permease  26.64 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000115655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0258  amino acid permease  26.64 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000104623  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3353  amino acid permease-associated region  26.3 
 
 		 486 aa  104  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.87626 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  26.09 
 
 		 486 aa  104  4e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1162  amino acid permease-associated region  25.22 
 
 		 518 aa  102  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.352905  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0263  amino acid permease  26.04 
 
 		 471 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000358452  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0631  amino acid permease family protein  25.06 
 
 		 471 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.279847  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  25.75 
 
 		 494 aa  103  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0277  amino acid transporter, cationic amino acid transporter (CAT) family  26.24 
 
 		 471 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3053  amino acid permease-associated region  26.78 
 
 		 466 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3790  amino acid permease-associated region  27.11 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.198748  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1741  amino acid permease-associated region  26.2 
 
 		 467 aa  101  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.908164  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3131  amino acid permease family protein  25.29 
 
 		 471 aa  101  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  25.99 
 
 		 471 aa  101  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  25.99 
 
 		 471 aa  101  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  25.99 
 
 		 471 aa  101  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2442  amino acid permease-associated region  26.68 
 
 		 468 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3581  amino acid transport protein  25.9 
 
 		 480 aa  101  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0683236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3056  amino acid permease-associated region  26.68 
 
 		 468 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.738455  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00850  cationic amino acid transporter  23.28 
 
 		 486 aa  100  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000549978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06077  cationic amino acid transporter  23.28 
 
 		 486 aa  100  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00275694  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1589  amino acid permease-associated region  26.26 
 
 		 539 aa  100  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.984032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  26.68 
 
 		 468 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  27.29 
 
 		 455 aa  100  7e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2967  amino acid permease-associated region  26.75 
 
 		 466 aa  100  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.799342  normal  0.23719 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  26.75 
 
 		 466 aa  99.8  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  27.44 
 
 		 786 aa  99.4  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2221  amino acid permease-associated region  23.95 
 
 		 495 aa  99.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000300523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>