More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1779 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1779  hypothetical protein  100 
 
 		 412 aa  811    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1710  amino acid permease-associated region  74.57 
 
 		 418 aa  593  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000301061  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0333  hypothetical protein  46.46 
 
 		 394 aa  306  5.0000000000000004e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  46.33 
 
 		 394 aa  300  4e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0624  hypothetical protein  45.99 
 
 		 411 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3650  putative amino acid permease  39.57 
 
 		 413 aa  242  9e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  38.59 
 
 		 439 aa  231  2e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3419  putative amino acid permease  38.24 
 
 		 425 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7626  amino acid permease-associated region  36.97 
 
 		 455 aa  224  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452611  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  36.84 
 
 		 436 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4923  amino acid permease-associated region  37.28 
 
 		 475 aa  210  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.441557  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4427  amino acid permease-associated region  34.95 
 
 		 452 aa  207  2e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.181856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  32.01 
 
 		 446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23590  amino acid transporter  33.58 
 
 		 454 aa  199  7e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.160802 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3301  amino acid permease-associated region  33.89 
 
 		 483 aa  194  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.475008  hitchhiker  0.00374937 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1612  amino acid permease-associated region  33.92 
 
 		 452 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000949107  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0522  amino acid permease-associated region  34.37 
 
 		 472 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  34.13 
 
 		 422 aa  191  2e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3324  amino acid permease-associated region  36.5 
 
 		 451 aa  191  2e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2379  amino acid permease-associated region  34.93 
 
 		 437 aa  189  8e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0365952 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1097  amino acid permease-associated region  35.8 
 
 		 446 aa  189  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.253911  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5181  amino acid permease-associated region  33.65 
 
 		 451 aa  184  3e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215843  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5270  amino acid permease-associated region  33.65 
 
 		 451 aa  184  3e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5562  amino acid permease-associated region  33.41 
 
 		 451 aa  180  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31800  amino acid transporter  36.25 
 
 		 433 aa  180  4.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.68054  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2793  amino acid permease-associated region  35.05 
 
 		 438 aa  179  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2340  amino acid permease-associated region  34.19 
 
 		 506 aa  177  4e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5386  amino acid permease-associated region  32.37 
 
 		 483 aa  175  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4334  amino acid permease-associated region  33.88 
 
 		 487 aa  174  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.313346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15980  amino acid transporter  32.93 
 
 		 461 aa  174  3.9999999999999995e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.133211  normal  0.0674026 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0993  amino acid permease-associated region  34.53 
 
 		 473 aa  172  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0009  amino acid permease-associated region  30.68 
 
 		 474 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  33.17 
 
 		 461 aa  169  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1611  amino acid permease-associated region  34.58 
 
 		 479 aa  168  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30460  amino acid transporter  33.18 
 
 		 482 aa  165  1.0000000000000001e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3914  amino acid permease-associated region  31.13 
 
 		 472 aa  163  7e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.728641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4568  amino acid permease-associated region  35.47 
 
 		 470 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4656  amino acid permease-associated region  35.47 
 
 		 470 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.465533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4951  amino acid permease-associated region  35.47 
 
 		 470 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0545959  normal  0.179686 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05480  amino acid transporter  34.61 
 
 		 454 aa  159  7e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0059  amino acid permease-associated region  29.18 
 
 		 493 aa  158  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.32682  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0240  amino acid permease-associated region  34.72 
 
 		 439 aa  157  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5147  amino acid permease-associated region  31.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3097  amino acid permease-associated region  29.93 
 
 		 502 aa  143  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  29.72 
 
 		 486 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0084  amino acid permease-associated region  35.01 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.687355  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  29.32 
 
 		 500 aa  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  26.7 
 
 		 494 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0053  amino acid permease-associated region  31.9 
 
 		 445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1785  amino acid permease-associated region  26.68 
 
 		 491 aa  126  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  28.47 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  28.44 
 
 		 476 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0909  amino acid permease family protein  28.77 
 
 		 467 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2797  putative amino acid transporter  29.57 
 
 		 474 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0983  amino acid permease family protein  29.01 
 
 		 467 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  25.9 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  25.9 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  25.9 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  25.9 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  25.9 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0728  amino acid permease  29.01 
 
 		 467 aa  123  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  25.9 
 
 		 471 aa  123  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0714  amino acid permease  29.01 
 
 		 467 aa  123  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0914  amino acid permease family protein  29.01 
 
 		 467 aa  123  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.43784e-41 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2625  amino acid permease-associated region  25.94 
 
 		 482 aa  123  7e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0475967  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2679  amino acid permease-associated region  25.94 
 
 		 482 aa  123  7e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2158  amino acid permease family protein  25.25 
 
 		 483 aa  122  8e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0779  amino acid permease family protein  28.84 
 
 		 467 aa  123  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0818  amino acid permease family protein  28.84 
 
 		 467 aa  123  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  25.66 
 
 		 471 aa  123  8e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2114  amino acid permease-associated region  26.65 
 
 		 485 aa  122  8e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.590902  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4174  amino acid permease-associated region  26.78 
 
 		 478 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  0.28467 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0872  amino acid permease family protein  29.48 
 
 		 467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  27.65 
 
 		 490 aa  121  1.9999999999999998e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  28.04 
 
 		 455 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1588  amino-acid transporter transmembrane protein  27.61 
 
 		 476 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4463  amino acid permease family protein  29.25 
 
 		 467 aa  121  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.821822 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  26.09 
 
 		 471 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  30.19 
 
 		 468 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2442  amino acid permease-associated region  30.19 
 
 		 468 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1408  cationic amino acid transporter  27.67 
 
 		 483 aa  119  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0734654  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1109  amino acid permease-associated region  27.42 
 
 		 538 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.332112  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3056  amino acid permease-associated region  30.19 
 
 		 468 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.738455  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  27.7 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1840  amino acid transporter  28.99 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  29.43 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1341  amino acid permease-associated region  28.02 
 
 		 496 aa  117  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1730  amino acid permease-associated region  29.44 
 
 		 481 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.219428  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1000  amino acid permease-associated region  25.72 
 
 		 566 aa  117  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06077  cationic amino acid transporter  26.67 
 
 		 486 aa  116  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00275694  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0728  amino acid permease-associated region  28.77 
 
 		 467 aa  116  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00850  cationic amino acid transporter  26.67 
 
 		 486 aa  116  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000549978  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2292  amino acid permease-associated region  31.88 
 
 		 418 aa  116  8.999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.707357  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2967  amino acid permease-associated region  29.43 
 
 		 466 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.799342  normal  0.23719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6404  amino acid tranporter  29.25 
 
 		 468 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1150  amino acid permease-associated region  27.51 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000287534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  27.05 
 
 		 471 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  27.05 
 
 		 471 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1252  amino acid permease-associated region  28.08 
 
 		 481 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3790  amino acid permease-associated region  25.98 
 
 		 491 aa  115  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.198748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>