More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0036 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 312 aa  618  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  76.7 
 
 		 327 aa  479  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  74.83 
 
 		 323 aa  432  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  72.39 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  73.81 
 
 		 323 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  72.17 
 
 		 315 aa  425  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  72.39 
 
 		 313 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  70.87 
 
 		 326 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  73.09 
 
 		 315 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  69.18 
 
 		 324 aa  408  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  71.91 
 
 		 313 aa  408  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  70.3 
 
 		 319 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  68.3 
 
 		 317 aa  408  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  71.43 
 
 		 314 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  57.33 
 
 		 313 aa  327  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  58.78 
 
 		 331 aa  325  6e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.07 
 
 		 729 aa  312  3.9999999999999997e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  55.74 
 
 		 744 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  53.72 
 
 		 333 aa  301  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  53.72 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  53.72 
 
 		 328 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  52.36 
 
 		 302 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  53.72 
 
 		 328 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  54.49 
 
 		 312 aa  298  9e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  53.38 
 
 		 328 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  52.98 
 
 		 325 aa  291  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  51.69 
 
 		 309 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  51.85 
 
 		 329 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  49.19 
 
 		 314 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  45.64 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  43.81 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 308 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.58 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.67 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  43.23 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2776  pyruvate carboxyltransferase  44.21 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  43 
 
 		 311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1922  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.01 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  43.25 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  43.96 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  43.39 
 
 		 315 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  40.82 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  40.53 
 
 		 304 aa  205  8e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  44.77 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  37.05 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  40.94 
 
 		 327 aa  202  6e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.55 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.96 
 
 		 326 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4194  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.62 
 
 		 321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.98 
 
 		 326 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  39.87 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5035  pyruvate carboxyltransferase  43.81 
 
 		 311 aa  195  7e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  39.93 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.34 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  38.54 
 
 		 317 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  36.73 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  39.1 
 
 		 305 aa  192  9e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  39.58 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  38.18 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  39.53 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.88 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  40.72 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  41.12 
 
 		 332 aa  188  8e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  40.47 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  39.48 
 
 		 315 aa  187  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  40.06 
 
 		 328 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  39.12 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  38.91 
 
 		 327 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  39.45 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  38.57 
 
 		 331 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  39.52 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.34 
 
 		 326 aa  186  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  39.52 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  42.11 
 
 		 320 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.66 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  41.73 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3354  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.05 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  39.64 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  39.73 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  39.08 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  33.67 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.11 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.44 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.44 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.44 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.44 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  42.05 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2302  pyruvate carboxyltransferase  43.69 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.895506  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.44 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.44 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1644  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.37 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  39.74 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.71 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4466  pyruvate carboxyltransferase  42.32 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.11 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  36.16 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.03 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>