More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1442 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 331 aa  679    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  98.49 
 
 		 331 aa  671    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  63.75 
 
 		 326 aa  404  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  61.88 
 
 		 329 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  65.68 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.46 
 
 		 313 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.07 
 
 		 336 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  64.71 
 
 		 320 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  61.61 
 
 		 315 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  64.05 
 
 		 320 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  64.05 
 
 		 320 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  59.69 
 
 		 324 aa  387  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.06 
 
 		 327 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  64.45 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  57.79 
 
 		 309 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  63.79 
 
 		 320 aa  374  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  64.45 
 
 		 325 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  58.69 
 
 		 327 aa  373  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  56.07 
 
 		 332 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  56.38 
 
 		 321 aa  347  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  58.33 
 
 		 306 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  56.77 
 
 		 308 aa  341  8e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.77 
 
 		 326 aa  341  9e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  55.48 
 
 		 311 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  55.26 
 
 		 312 aa  335  5e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  54.26 
 
 		 318 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  54.93 
 
 		 315 aa  329  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  55.85 
 
 		 308 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.59 
 
 		 326 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.85 
 
 		 308 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  45.86 
 
 		 327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  47.16 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  48.15 
 
 		 328 aa  264  2e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  46.55 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.74 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  46.18 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.38 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.24 
 
 		 319 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  41.75 
 
 		 317 aa  249  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  43.43 
 
 		 305 aa  249  7e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.26 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  44.33 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  48.16 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  43.75 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  43.45 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.11 
 
 		 303 aa  233  5e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  41.58 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0633  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.58 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  230  3e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1542  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.58 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.131196  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  42.16 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.3 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.3 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.3 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3976  pyruvate carboxyltransferase  41.03 
 
 		 317 aa  226  4e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0304522  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.65 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  39.86 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  42.76 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43 
 
 		 729 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  41.45 
 
 		 333 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  43.88 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  43.73 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  43.53 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  41.61 
 
 		 328 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  41.95 
 
 		 328 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  41.98 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  39.52 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  41.03 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.57 
 
 		 284 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284878 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  40.99 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  41.38 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  41.38 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  40.61 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  40.48 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  40.72 
 
 		 328 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.96 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.03 
 
 		 304 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.03 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.45 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.49 
 
 		 287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  44.1 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5964  pyruvate carboxyltransferase  40.82 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0367175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0739  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.8 
 
 		 288 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.5891  normal  0.963586 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  37.11 
 
 		 317 aa  215  7e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  42.66 
 
 		 744 aa  215  8e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  39.86 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.89 
 
 		 310 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.55 
 
 		 310 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3293  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.34 
 
 		 309 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  40.34 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  42 
 
 		 314 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  41.88 
 
 		 329 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>