More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5984 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 313 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  98.72 
 
 		 313 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  86.42 
 
 		 313 aa  501  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  83.22 
 
 		 319 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  82.43 
 
 		 317 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  75.17 
 
 		 327 aa  464  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  74.76 
 
 		 324 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  75.16 
 
 		 315 aa  448  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  76.57 
 
 		 315 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  71.9 
 
 		 323 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  71.24 
 
 		 323 aa  441  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  75 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  72.39 
 
 		 312 aa  429  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  74.84 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  56.52 
 
 		 313 aa  321  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  54.15 
 
 		 302 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  53.27 
 
 		 333 aa  316  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  54.21 
 
 		 328 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  55.56 
 
 		 744 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  53.16 
 
 		 328 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.7 
 
 		 729 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  52.29 
 
 		 309 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  53.16 
 
 		 328 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  54.79 
 
 		 331 aa  306  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  52.82 
 
 		 328 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  54.03 
 
 		 312 aa  296  4e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  51.28 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  50 
 
 		 329 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  50.33 
 
 		 314 aa  275  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.32 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  39.2 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.28 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  42.76 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  42.03 
 
 		 306 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  43.71 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.51 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  45.96 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  42.3 
 
 		 327 aa  205  7e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 311 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  43.59 
 
 		 320 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  41.55 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  43.22 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  40.53 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  40.53 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  44.3 
 
 		 328 aa  203  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  41.3 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  41.81 
 
 		 312 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  41.32 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  39.58 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  40.34 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  40.2 
 
 		 320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  38.18 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.96 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  37.89 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  38.77 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1922  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.07 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.86 
 
 		 326 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  41.53 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.1 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.83 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.14 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  40.79 
 
 		 306 aa  195  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  42.18 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.96 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  40.59 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  42.65 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.94 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1588  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.332653  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1612  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.294134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  41.58 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.95 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2063  pyruvate carboxyltransferase  37.63 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4466  pyruvate carboxyltransferase  43.19 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3354  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.01 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  43.54 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 296 aa  192  9e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  41.89 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.92 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.29 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  38.93 
 
 		 331 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5035  pyruvate carboxyltransferase  42.09 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.59 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.22 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.22 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  42.2 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.22 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  37.83 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  40.51 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>