More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3685 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  84.9 
 
 
396 aa  685    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  89.96 
 
 
729 aa  1299    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 
744 aa  1495    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1757  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.21 
 
 
401 aa  580  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2966  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.35 
 
 
415 aa  570  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.396532  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.82 
 
 
413 aa  558  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.969244  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.41 
 
 
411 aa  555  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.853054  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2489  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.82 
 
 
402 aa  549  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.487747  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4805  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.72 
 
 
430 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.51 
 
 
402 aa  544  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.164916  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  88.12 
 
 
313 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5397  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.47 
 
 
430 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.459819  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5464  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.47 
 
 
430 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0227388  normal  0.134868 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5347  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.35 
 
 
437 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4806  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.45 
 
 
437 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.95 
 
 
409 aa  535  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.434852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2352  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.98 
 
 
402 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0528822  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0807  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.3 
 
 
412 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5985  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.8 
 
 
383 aa  485  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761054  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.53 
 
 
383 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6960  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.5 
 
 
383 aa  481  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3393  CAIB/BAIF family protein  61.14 
 
 
396 aa  479  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.288648  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.99 
 
 
383 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2560  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.1 
 
 
397 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251526  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.23 
 
 
393 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2060  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.76 
 
 
384 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.216731  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.07 
 
 
386 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.444821  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  77.35 
 
 
331 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03121  hypothetical protein  62.26 
 
 
383 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  81.33 
 
 
312 aa  464  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.07 
 
 
392 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3138  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.46 
 
 
392 aa  462  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0152397 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2763  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.12 
 
 
399 aa  425  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  68.77 
 
 
328 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2696  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.84 
 
 
392 aa  411  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  67.67 
 
 
333 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  66.11 
 
 
328 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  66.56 
 
 
328 aa  399  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  66.22 
 
 
328 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.17 
 
 
400 aa  387  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.13 
 
 
395 aa  365  2e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  58.82 
 
 
329 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  56.52 
 
 
323 aa  345  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  59.2 
 
 
302 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.9 
 
 
323 aa  340  4e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  58.82 
 
 
309 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  57.38 
 
 
325 aa  323  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  56.09 
 
 
326 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.88 
 
 
327 aa  311  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  55.56 
 
 
313 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  55.74 
 
 
312 aa  309  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  55.88 
 
 
313 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  54.75 
 
 
314 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  55.19 
 
 
315 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  53.09 
 
 
319 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.85 
 
 
313 aa  293  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  52.46 
 
 
317 aa  291  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.64 
 
 
315 aa  291  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  51.6 
 
 
324 aa  276  8e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.67 
 
 
372 aa  261  3e-68  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.920377  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  53.36 
 
 
314 aa  256  9e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.62 
 
 
409 aa  243  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
404 aa  237  5.0000000000000005e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4194  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  49.17 
 
 
321 aa  237  7e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
415 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
386 aa  233  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  45.79 
 
 
314 aa  233  1e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.58 
 
 
381 aa  232  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 
299 aa  230  6e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  40 
 
 
381 aa  230  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  35.38 
 
 
396 aa  229  1e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  38.27 
 
 
416 aa  229  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.25 
 
 
415 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.6 
 
 
389 aa  228  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.07 
 
 
319 aa  228  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  45.79 
 
 
317 aa  227  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  43.48 
 
 
311 aa  227  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  46.42 
 
 
318 aa  227  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.05 
 
 
395 aa  226  8e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.57 
 
 
297 aa  226  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  48.11 
 
 
307 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  47.18 
 
 
306 aa  226  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.27 
 
 
407 aa  226  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.96 
 
 
393 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.01 
 
 
395 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.82 
 
 
406 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.37 
 
 
423 aa  224  7e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
391 aa  223  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.24 
 
 
406 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.3 
 
 
390 aa  222  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.03 
 
 
407 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
407 aa  221  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  38.01 
 
 
407 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  45.67 
 
 
305 aa  221  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
429 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
390 aa  221  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.86 
 
 
303 aa  220  7e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.22 
 
 
303 aa  219  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.22 
 
 
303 aa  219  1e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
544 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>