More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4905 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 308 aa  609  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  77.63 
 
 		 306 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  73.68 
 
 		 318 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  75.74 
 
 		 308 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  73.51 
 
 		 312 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  71.57 
 
 		 308 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  74.09 
 
 		 315 aa  431  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  68.23 
 
 		 311 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.07 
 
 		 321 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  58.33 
 
 		 321 aa  355  3.9999999999999996e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  59.33 
 
 		 320 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  59.33 
 
 		 320 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  59.67 
 
 		 320 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  57.05 
 
 		 315 aa  348  5e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  55.85 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.77 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  58 
 
 		 320 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.86 
 
 		 313 aa  340  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.27 
 
 		 326 aa  340  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  59.6 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  55.52 
 
 		 329 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  58.33 
 
 		 320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  56.61 
 
 		 324 aa  331  9e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  54.18 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.71 
 
 		 327 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  55.85 
 
 		 331 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  55.52 
 
 		 331 aa  321  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  54.67 
 
 		 332 aa  314  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.53 
 
 		 326 aa  309  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.17 
 
 		 326 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.57 
 
 		 299 aa  285  8e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  49.48 
 
 		 314 aa  283  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  51.64 
 
 		 328 aa  282  6.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  50.69 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  48.41 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  50.34 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.38 
 
 		 319 aa  275  5e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  49.65 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  50.35 
 
 		 315 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  51.18 
 
 		 313 aa  269  5e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  267  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.36 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.36 
 
 		 303 aa  266  4e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.02 
 
 		 303 aa  265  7e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  49.49 
 
 		 303 aa  265  8e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  49.83 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.69 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  47.18 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  47.22 
 
 		 317 aa  252  7e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  49.31 
 
 		 303 aa  249  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3976  pyruvate carboxyltransferase  49.3 
 
 		 317 aa  248  7e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0304522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  46.79 
 
 		 294 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  47.28 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  46.8 
 
 		 315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  46.21 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.33 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.33 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.33 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  46.15 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  43.51 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1644  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.81 
 
 		 314 aa  238  8e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.64 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  44.67 
 
 		 305 aa  238  8e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.21 
 
 		 299 aa  238  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0753  pyruvate carboxyltransferase  43.25 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2214  pyruvate carboxyltransferase  47.81 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.893869  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  45.25 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.51 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2302  pyruvate carboxyltransferase  47.47 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.895506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2773  pyruvate carboxyltransferase  47.27 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  45.8 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  45.45 
 
 		 304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1542  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.11 
 
 		 299 aa  235  8e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.131196  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.64 
 
 		 310 aa  235  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  43.16 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.74 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  43.16 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0121  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.07 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00102  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.05 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135051  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.29 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.94 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2742  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.66 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0607  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.69 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.314247  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0114  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.7 
 
 		 309 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.57 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2955  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.94 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0514  pyruvate carboxyltransferase  45.08 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00792422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0633  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.75 
 
 		 299 aa  231  2e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.91 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.04 
 
 		 287 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.08 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  49.09 
 
 		 284 aa  229  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284878 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2959  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.25 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.504237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>