More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3824 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 302 aa  620  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  83.95 
 
 		 304 aa  531  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  83.95 
 
 		 304 aa  531  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  83.95 
 
 		 303 aa  530  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5964  pyruvate carboxyltransferase  83.22 
 
 		 313 aa  524  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0367175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0477  pyruvate carboxyltransferase  81.25 
 
 		 308 aa  511  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4155  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  80.26 
 
 		 306 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4710  pyruvate carboxyltransferase  76.64 
 
 		 306 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0514  pyruvate carboxyltransferase  77.97 
 
 		 303 aa  465  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00792422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  75 
 
 		 306 aa  463  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3354  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  73.18 
 
 		 307 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2063  pyruvate carboxyltransferase  67.11 
 
 		 304 aa  413  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0312  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  64.24 
 
 		 306 aa  395  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0343  pyruvate carboxyltransferase  64.57 
 
 		 306 aa  396  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0114  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  64.21 
 
 		 309 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0121  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  63.88 
 
 		 309 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0607  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.87 
 
 		 310 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.314247  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.54 
 
 		 309 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.21 
 
 		 308 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.21 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0261  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  63.55 
 
 		 309 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.39725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0153  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.6 
 
 		 311 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.87 
 
 		 310 aa  374  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2955  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.54 
 
 		 310 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.27 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.54 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2345  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.2 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.511724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2959  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.2 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.504237  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2980  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.62 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6309  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.28 
 
 		 310 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1462  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.63 
 
 		 317 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.28 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.28 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.2 
 
 		 299 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.28 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0086  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.45 
 
 		 301 aa  363  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  59.8 
 
 		 296 aa  364  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0753  pyruvate carboxyltransferase  59 
 
 		 311 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60 
 
 		 299 aa  361  1e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.68 
 
 		 300 aa  361  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2929  pyruvate carboxyltransferase  58.39 
 
 		 305 aa  358  9e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0756431  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3278  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.82 
 
 		 300 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2126  pyruvate carboxyltransferase  59.26 
 
 		 299 aa  355  3.9999999999999996e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.129667  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.66 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  58.7 
 
 		 301 aa  352  5e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38490  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.14 
 
 		 300 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.66 
 
 		 299 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1526  pyruvate carboxyltransferase  57.48 
 
 		 307 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2977  pyruvate carboxyltransferase  57.48 
 
 		 307 aa  348  5e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.31 
 
 		 299 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1943  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.31 
 
 		 299 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483934  hitchhiker  0.000417953 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2832  pyruvate carboxyltransferase  57.48 
 
 		 307 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  57.29 
 
 		 301 aa  346  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1854  pyruvate carboxyltransferase  56.86 
 
 		 301 aa  346  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.41694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2326  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.31 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.31 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  55.89 
 
 		 306 aa  341  8e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2471  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.95 
 
 		 299 aa  341  9e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.16 
 
 		 315 aa  340  1e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1542  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.85 
 
 		 299 aa  341  1e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.131196  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.44 
 
 		 295 aa  340  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1668  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.97 
 
 		 310 aa  340  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3293  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.12 
 
 		 309 aa  339  2.9999999999999998e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1715  pyruvate carboxyltransferase  56.21 
 
 		 315 aa  338  5e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  56.46 
 
 		 307 aa  338  7e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.56 
 
 		 308 aa  337  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0633  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.51 
 
 		 299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  55.1 
 
 		 296 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  56.46 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  56.66 
 
 		 296 aa  334  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2742  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.93 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  52.53 
 
 		 302 aa  326  3e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  52.53 
 
 		 302 aa  325  5e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  53.79 
 
 		 298 aa  323  3e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02416  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.84 
 
 		 298 aa  317  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13643  hydroxymethylglutaryl-coenzyme A lyase  53.04 
 
 		 321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.404031  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.86 
 
 		 302 aa  312  5.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7692  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.42 
 
 		 307 aa  309  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000381  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.06 
 
 		 309 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05477  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.69 
 
 		 298 aa  306  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00102  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.4 
 
 		 298 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135051  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1940  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  57.04 
 
 		 304 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4536  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.45 
 
 		 289 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.84 
 
 		 287 aa  300  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.43 
 
 		 297 aa  298  5e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.56 
 
 		 303 aa  298  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0014  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.04 
 
 		 287 aa  297  2e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  48.83 
 
 		 314 aa  295  8e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3641  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.14 
 
 		 289 aa  293  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.520749  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0739  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.55 
 
 		 288 aa  291  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.5891  normal  0.963586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2780  pyruvate carboxyltransferase  51.36 
 
 		 301 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  0.241199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  52.36 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  52.38 
 
 		 301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1303  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.85 
 
 		 287 aa  285  8e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.15453  normal  0.0935443 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2152  pyruvate carboxyltransferase  48.63 
 
 		 298 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05920  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  48.65 
 
 		 314 aa  282  5.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.935262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  49.66 
 
 		 301 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3074  pyruvate carboxyltransferase  50 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190421  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10797  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase (AFU_orthologue; AFUA_2G12450)  45.14 
 
 		 353 aa  278  7e-74  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.94715  normal  0.278378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>