More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1378 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  98.49 
 
 		 331 aa  671    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 331 aa  680    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.14 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  61.25 
 
 		 329 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.81 
 
 		 326 aa  404  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  65.02 
 
 		 321 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.76 
 
 		 336 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  64.05 
 
 		 320 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  63.4 
 
 		 320 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  63.4 
 
 		 320 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  61.29 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  59.06 
 
 		 324 aa  385  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  58.12 
 
 		 309 aa  381  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.44 
 
 		 327 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  63.46 
 
 		 320 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  64.45 
 
 		 325 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  58.69 
 
 		 327 aa  371  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  63.12 
 
 		 320 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  55.76 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  56.04 
 
 		 321 aa  343  2e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  59.14 
 
 		 306 aa  342  4e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  56.77 
 
 		 308 aa  339  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.78 
 
 		 326 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  55.48 
 
 		 311 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  54.26 
 
 		 318 aa  332  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  54.61 
 
 		 312 aa  331  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  54.61 
 
 		 315 aa  329  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  55.52 
 
 		 308 aa  326  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.61 
 
 		 326 aa  322  4e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.52 
 
 		 308 aa  322  7e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  45.86 
 
 		 327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  47.59 
 
 		 315 aa  265  7e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  46.82 
 
 		 313 aa  265  8e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  47.81 
 
 		 328 aa  261  1e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.74 
 
 		 299 aa  258  9e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  46.18 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  49.62 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.9 
 
 		 319 aa  249  5e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  43.77 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.26 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  41.41 
 
 		 317 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  44.33 
 
 		 314 aa  242  5e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  47.79 
 
 		 305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  43.32 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.81 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  43.1 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  41.92 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  229  6e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  9e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0633  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.24 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.01 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1542  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.24 
 
 		 299 aa  227  3e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.131196  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.65 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  41.83 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.61 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.61 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3976  pyruvate carboxyltransferase  40.34 
 
 		 317 aa  223  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0304522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.61 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  39.52 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  41.72 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  41.34 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.66 
 
 		 729 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  43.35 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  43.54 
 
 		 331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  41.12 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  43.17 
 
 		 328 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.57 
 
 		 284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284878 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  41.28 
 
 		 328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  41.61 
 
 		 328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  39.18 
 
 		 302 aa  219  6e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  41.64 
 
 		 313 aa  218  7.999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.22 
 
 		 287 aa  218  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2773  pyruvate carboxyltransferase  43.91 
 
 		 313 aa  218  7.999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  40.69 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  41.18 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  41.38 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  40.34 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.79 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  40.39 
 
 		 328 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.27 
 
 		 310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  39.93 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0739  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.43 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.5891  normal  0.963586 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  36.79 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3293  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.34 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  41.88 
 
 		 329 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.21 
 
 		 310 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5964  pyruvate carboxyltransferase  39.8 
 
 		 313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0367175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.86 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  39.86 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  42 
 
 		 314 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  42.14 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  38.64 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>