More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2773 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2773  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 313 aa  620  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4199  pyruvate carboxyltransferase  65.8 
 
 		 308 aa  363  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.380986  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.14 
 
 		 297 aa  256  5e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  43.6 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  46.83 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  45.49 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  44.86 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  44.76 
 
 		 296 aa  238  9e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.71 
 
 		 303 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05273  3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A lyase/3-methylglutaconyl-coenzyme A hydratase (EC 4.1.3.4)(EC 4.2.1.18) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6S014]  43.97 
 
 		 599 aa  237  2e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.347874  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.67 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.98 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  47.27 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7692  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.32 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0121  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.32 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  47.29 
 
 		 314 aa  236  3e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0753  pyruvate carboxyltransferase  45.58 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  45.1 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.71 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.71 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.71 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  43.79 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1715  pyruvate carboxyltransferase  45.3 
 
 		 315 aa  235  7e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2955  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.3 
 
 		 310 aa  234  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.59 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2742  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.12 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6411  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase  46.55 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565607 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2980  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.6 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2152  pyruvate carboxyltransferase  45.08 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6309  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.6 
 
 		 310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1526  pyruvate carboxyltransferase  43.1 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2977  pyruvate carboxyltransferase  43.1 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2326  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.29 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43357 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1668  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.88 
 
 		 310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  43.54 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1854  pyruvate carboxyltransferase  44.89 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.41694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0114  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2832  pyruvate carboxyltransferase  43.1 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.65 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  40.66 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.6 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.6 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2345  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.25 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.511724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2959  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.25 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.504237  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2471  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.41 
 
 		 299 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.09 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  44.48 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.35 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  45.07 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.99 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.05 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.03 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 301 aa  229  5e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13643  hydroxymethylglutaryl-coenzyme A lyase  40.72 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.404031  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  46.89 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0086  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.61 
 
 		 301 aa  228  7e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  44.84 
 
 		 306 aa  228  7e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.88 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.37 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1940  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.14 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.75 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.64 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.09 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0153  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  42.66 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1943  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.75 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483934  hitchhiker  0.000417953 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  43.58 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  39.37 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.06 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2063  pyruvate carboxyltransferase  41.84 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  45.76 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.09 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.09 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.09 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.09 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  40.4 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  44.64 
 
 		 313 aa  225  6e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  39.02 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.69 
 
 		 309 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.9 
 
 		 326 aa  225  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05920  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.08 
 
 		 314 aa  226  6e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.935262 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0607  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.21 
 
 		 310 aa  225  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.314247  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4049  pyruvate carboxyltransferase  46.58 
 
 		 360 aa  225  8e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.651223  normal  0.299101 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1975  pyruvate carboxyltransferase  45.7 
 
 		 309 aa  225  8e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00960941  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.91 
 
 		 295 aa  225  9e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6387  pyruvate carboxyltransferase  43.84 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0160856  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3293  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.18 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2126  pyruvate carboxyltransferase  40.96 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.129667  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0348  pyruvate carboxyltransferase  44.52 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1146  pyruvate carboxyltransferase  47.43 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0312  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.05 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1462  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.49 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0343  pyruvate carboxyltransferase  42.38 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2780  pyruvate carboxyltransferase  43.43 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  0.241199 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0261  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.02 
 
 		 309 aa  222  6e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.39725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  44.01 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>