More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3007 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  99.68 
 
 
310 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  100 
 
 
310 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2955  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  98.06 
 
 
310 aa  614  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2345  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  96.77 
 
 
310 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.511724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2959  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  96.77 
 
 
310 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.504237  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2980  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  97.42 
 
 
310 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6309  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  97.1 
 
 
310 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  87.38 
 
 
310 aa  555  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  86.04 
 
 
311 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  86.04 
 
 
311 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  86.04 
 
 
311 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  86.45 
 
 
309 aa  525  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  85.16 
 
 
308 aa  518  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  85.16 
 
 
308 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0607  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  77.35 
 
 
310 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.314247  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0153  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  76.77 
 
 
311 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0121  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  74.84 
 
 
309 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0114  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  75.16 
 
 
309 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0261  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  76.45 
 
 
309 aa  448  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.39725  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1462  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  74.75 
 
 
317 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.54 
 
 
299 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1943  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.54 
 
 
299 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483934  hitchhiker  0.000417953 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  63.05 
 
 
300 aa  381  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  61.87 
 
 
302 aa  378  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  62.96 
 
 
306 aa  379  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5964  pyruvate carboxyltransferase  59.74 
 
 
313 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0367175  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.53 
 
 
299 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.87 
 
 
299 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.53 
 
 
299 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2471  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.07 
 
 
299 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0086  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.12 
 
 
301 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.41 
 
 
299 aa  371  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2126  pyruvate carboxyltransferase  59.93 
 
 
299 aa  373  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.129667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2742  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.73 
 
 
299 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  61.22 
 
 
296 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.07 
 
 
303 aa  368  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  60.88 
 
 
301 aa  366  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3354  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  61.46 
 
 
307 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4710  pyruvate carboxyltransferase  58.42 
 
 
306 aa  364  1e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  59.4 
 
 
304 aa  364  1e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.06 
 
 
304 aa  363  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0753  pyruvate carboxyltransferase  59.87 
 
 
311 aa  363  2e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.18 
 
 
295 aa  363  2e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1854  pyruvate carboxyltransferase  60 
 
 
301 aa  363  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.41694  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4155  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.07 
 
 
306 aa  360  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2977  pyruvate carboxyltransferase  59.39 
 
 
307 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0477  pyruvate carboxyltransferase  59.08 
 
 
308 aa  360  1e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2832  pyruvate carboxyltransferase  59.39 
 
 
307 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3278  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.82 
 
 
300 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1526  pyruvate carboxyltransferase  59.39 
 
 
307 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  59.39 
 
 
307 aa  359  4e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  58.64 
 
 
301 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38490  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.48 
 
 
300 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  58.84 
 
 
296 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2929  pyruvate carboxyltransferase  57.72 
 
 
305 aa  354  1e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0756431  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3293  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  60.47 
 
 
309 aa  352  5.9999999999999994e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  58.11 
 
 
296 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.18 
 
 
308 aa  351  7e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  57.91 
 
 
315 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  59.04 
 
 
296 aa  350  2e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2326  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.11 
 
 
315 aa  350  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.43357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.11 
 
 
315 aa  350  2e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1668  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.45 
 
 
310 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2063  pyruvate carboxyltransferase  57.43 
 
 
304 aa  349  3e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0514  pyruvate carboxyltransferase  57.69 
 
 
303 aa  348  5e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00792422  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1715  pyruvate carboxyltransferase  58.16 
 
 
315 aa  348  8e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  54.52 
 
 
302 aa  344  1e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0312  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.91 
 
 
306 aa  344  1e-93  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  57.53 
 
 
298 aa  344  1e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  54.85 
 
 
302 aa  343  2e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0343  pyruvate carboxyltransferase  56.91 
 
 
306 aa  341  1e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  57.14 
 
 
302 aa  336  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02416  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.19 
 
 
298 aa  333  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  51.32 
 
 
306 aa  330  2e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000381  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.42 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05477  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.41 
 
 
298 aa  326  4.0000000000000003e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0633  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.84 
 
 
299 aa  325  5e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1542  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.84 
 
 
299 aa  323  2e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.131196  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00102  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.56 
 
 
298 aa  323  2e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135051  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1940  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.1 
 
 
304 aa  319  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13643  hydroxymethylglutaryl-coenzyme A lyase  51.95 
 
 
321 aa  313  1.9999999999999998e-84  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.404031  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7692  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.84 
 
 
307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2780  pyruvate carboxyltransferase  54.08 
 
 
301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  0.241199 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.94 
 
 
297 aa  310  2e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.21 
 
 
299 aa  310  2e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  52.53 
 
 
301 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.17 
 
 
303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4536  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.87 
 
 
289 aa  307  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696155  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.31 
 
 
287 aa  306  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  51.66 
 
 
306 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3641  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.93 
 
 
289 aa  304  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.520749  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  52.53 
 
 
301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0739  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  57.41 
 
 
288 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.5891  normal  0.963586 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1303  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.47 
 
 
287 aa  300  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.15453  normal  0.0935443 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0014  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.58 
 
 
287 aa  294  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0348  pyruvate carboxyltransferase  48.16 
 
 
315 aa  293  2e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3074  pyruvate carboxyltransferase  51.66 
 
 
306 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190421  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.98 
 
 
284 aa  287  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.284878 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.5 
 
 
315 aa  285  5.999999999999999e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.26457  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1975  pyruvate carboxyltransferase  48.81 
 
 
309 aa  285  8e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00960941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>