More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5348 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 333 aa  669    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  95.2 
 
 		 328 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  90.09 
 
 		 328 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  89.79 
 
 		 328 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  89.49 
 
 		 328 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  67.67 
 
 		 313 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  67.67 
 
 		 744 aa  409  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  68.46 
 
 		 312 aa  398  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  66.56 
 
 		 729 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  67.45 
 
 		 331 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  60.07 
 
 		 329 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  54.85 
 
 		 309 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  55.78 
 
 		 323 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  53.85 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  53.57 
 
 		 314 aa  323  3e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.1 
 
 		 323 aa  322  6e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  54.19 
 
 		 326 aa  316  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  53.27 
 
 		 313 aa  316  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  54 
 
 		 313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  53.85 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.54 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  53.72 
 
 		 312 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  53.33 
 
 		 315 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  50.67 
 
 		 319 aa  292  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.32 
 
 		 315 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  51.15 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  50.85 
 
 		 317 aa  283  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.68 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  51.83 
 
 		 314 aa  261  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4194  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  48.41 
 
 		 321 aa  249  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  43.92 
 
 		 304 aa  228  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  42.21 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  42.95 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  43.65 
 
 		 320 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  43.65 
 
 		 320 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  41.91 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.21 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.69 
 
 		 321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.65 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  41.45 
 
 		 331 aa  219  6e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  41.29 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.54 
 
 		 326 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.78 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.43 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  41.1 
 
 		 311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.43 
 
 		 303 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.43 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.43 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.43 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.07 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  43.18 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.49 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.07 
 
 		 303 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  40.92 
 
 		 331 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  45.39 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.07 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.76 
 
 		 319 aa  215  9e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.99 
 
 		 326 aa  215  9e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  44.32 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  43.19 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  43.96 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  41.72 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.42 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  39.48 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.71 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.38 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  43.94 
 
 		 329 aa  212  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  40.88 
 
 		 321 aa  212  7.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  44.28 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  43.3 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.64 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.49 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  43.46 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1922  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.75 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.61 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1943  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.22 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483934  hitchhiker  0.000417953 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  43.43 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  43.75 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  42.81 
 
 		 315 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  41.58 
 
 		 327 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  39.33 
 
 		 327 aa  206  6e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  40.95 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  40.58 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0177  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.49 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  42.14 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.44 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2776  pyruvate carboxyltransferase  43.39 
 
 		 313 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  40.28 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  42.96 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  41.75 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1854  pyruvate carboxyltransferase  41.13 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.41694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  39.6 
 
 		 312 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.49 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3278  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.28 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.7 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>