More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0455 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  90.1 
 
 		 729 aa  551  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  88.12 
 
 		 744 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  77.59 
 
 		 331 aa  467  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  79.93 
 
 		 312 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  67.42 
 
 		 328 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  67.67 
 
 		 333 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  65.26 
 
 		 328 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  65.26 
 
 		 328 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  64.94 
 
 		 328 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  57.52 
 
 		 329 aa  352  5e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  58.86 
 
 		 302 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  57.19 
 
 		 323 aa  346  3e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.52 
 
 		 323 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  58.67 
 
 		 309 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  56.68 
 
 		 325 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  57.33 
 
 		 312 aa  327  1.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  56.15 
 
 		 326 aa  322  7e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  56.52 
 
 		 313 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.85 
 
 		 327 aa  318  9e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  56.52 
 
 		 313 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  55.03 
 
 		 314 aa  311  7.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  54.3 
 
 		 315 aa  308  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  52.49 
 
 		 319 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.02 
 
 		 313 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  53.49 
 
 		 324 aa  291  8e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.49 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  51.86 
 
 		 317 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  54.3 
 
 		 314 aa  270  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  44.73 
 
 		 314 aa  233  5e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.17 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4194  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.08 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  47.59 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  45.97 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.55 
 
 		 319 aa  223  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  45.93 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  45.27 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  45 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.64 
 
 		 297 aa  222  7e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  44.93 
 
 		 317 aa  222  8e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  42.66 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.29 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.58 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  45.08 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  41.98 
 
 		 331 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.28 
 
 		 303 aa  219  7e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.28 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.22 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.58 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  39.06 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.22 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1922  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.33 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  45.07 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  41.64 
 
 		 331 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  44.72 
 
 		 315 aa  215  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  42.57 
 
 		 320 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  42.57 
 
 		 320 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  44.07 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.25 
 
 		 326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  45.39 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  43.96 
 
 		 304 aa  212  7.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  42.25 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  41.48 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  45.05 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  43.97 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.19 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  42.25 
 
 		 320 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  43.73 
 
 		 325 aa  209  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  41.9 
 
 		 306 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  41.79 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0177  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.2 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.09 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  41.05 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2214  pyruvate carboxyltransferase  45.74 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.893869  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.52 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  40.4 
 
 		 327 aa  206  6e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2776  pyruvate carboxyltransferase  42.96 
 
 		 313 aa  205  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2302  pyruvate carboxyltransferase  45.74 
 
 		 311 aa  205  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.895506  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  40.27 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  42.54 
 
 		 320 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  42.28 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1644  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.39 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.93 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  42.16 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  41.45 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  44.32 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  40.41 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  39.22 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  40.58 
 
 		 329 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  39.71 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  40.07 
 
 		 296 aa  199  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1146  pyruvate carboxyltransferase  42.62 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  37.82 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.62 
 
 		 336 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  40.91 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>