More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1600 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  98.44 
 
 		 320 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 320 aa  653    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  94.38 
 
 		 320 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  94.38 
 
 		 320 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  93.75 
 
 		 320 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  93.4 
 
 		 321 aa  607  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  88.78 
 
 		 325 aa  531  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  70.1 
 
 		 326 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  65.81 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  67.67 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  65.56 
 
 		 336 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  67.11 
 
 		 324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  65.12 
 
 		 329 aa  403  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  67.11 
 
 		 327 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  65.67 
 
 		 309 aa  397  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  63.79 
 
 		 327 aa  394  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  63.79 
 
 		 331 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  63.12 
 
 		 331 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  59.38 
 
 		 332 aa  371  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  59.93 
 
 		 326 aa  363  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  56.25 
 
 		 321 aa  358  7e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  54.9 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  58.33 
 
 		 306 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  56.67 
 
 		 318 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  58.86 
 
 		 308 aa  352  5e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  58.33 
 
 		 308 aa  350  3e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  56 
 
 		 312 aa  349  4e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.25 
 
 		 308 aa  347  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.94 
 
 		 326 aa  337  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  53.95 
 
 		 315 aa  326  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.67 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.12 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  47.68 
 
 		 304 aa  271  8.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  47.78 
 
 		 315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  45.12 
 
 		 327 aa  265  1e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.55 
 
 		 319 aa  264  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  46.36 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.44 
 
 		 297 aa  258  9e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  45 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  46.28 
 
 		 328 aa  255  8e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  47.67 
 
 		 303 aa  254  9e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  44.71 
 
 		 314 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  45.08 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  45.66 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  46.78 
 
 		 305 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  45.25 
 
 		 313 aa  245  6.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.78 
 
 		 303 aa  245  9e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  241  9e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  241  9e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  241  9e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 303 aa  238  9e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  43.38 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  41.88 
 
 		 294 aa  233  5e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  42.86 
 
 		 301 aa  229  6e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  39.25 
 
 		 302 aa  229  7e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  38.91 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2955  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.88 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  45.82 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.67 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.88 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.54 
 
 		 310 aa  226  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  39.66 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.52 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.52 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.52 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  40.58 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  42.95 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  43.83 
 
 		 333 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  40.82 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6309  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 310 aa  222  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0968  pyruvate carboxyltransferase  41.1 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.513623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.44 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2345  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.52 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.511724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2959  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.52 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.504237  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.24 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2980  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.37 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  38.64 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.75 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  43.79 
 
 		 328 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6387  pyruvate carboxyltransferase  44.75 
 
 		 309 aa  219  3e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0160856  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.31 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0514  pyruvate carboxyltransferase  41.84 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00792422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.18 
 
 		 300 aa  219  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.41 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.41 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4710  pyruvate carboxyltransferase  40.27 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.7 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0121  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.68 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0607  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.314247  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  45.59 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  39.04 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>