More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6976 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 318 aa  647    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  84.66 
 
 		 315 aa  528  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  83.28 
 
 		 308 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  81.13 
 
 		 312 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  76.72 
 
 		 311 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  73.68 
 
 		 308 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  68.77 
 
 		 306 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  68.77 
 
 		 308 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.35 
 
 		 313 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.31 
 
 		 326 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  54.4 
 
 		 309 aa  356  3.9999999999999996e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  56.35 
 
 		 315 aa  353  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.7 
 
 		 321 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.19 
 
 		 336 aa  352  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  54.72 
 
 		 321 aa  352  5e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  56.67 
 
 		 320 aa  348  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  54.4 
 
 		 329 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  56.67 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  56.67 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  56.95 
 
 		 324 aa  345  5e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.81 
 
 		 327 aa  340  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  55.33 
 
 		 320 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  56.67 
 
 		 320 aa  338  9e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  54.26 
 
 		 331 aa  332  6e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  55.78 
 
 		 325 aa  329  4e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.8 
 
 		 326 aa  328  8e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  54.26 
 
 		 331 aa  328  9e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  52.6 
 
 		 332 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  50.67 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.49 
 
 		 326 aa  305  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  50.69 
 
 		 327 aa  289  5.0000000000000004e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50 
 
 		 309 aa  280  3e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  49.66 
 
 		 328 aa  279  6e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50 
 
 		 299 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  45.75 
 
 		 305 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  48.61 
 
 		 315 aa  271  8.000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.59 
 
 		 319 aa  271  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.5 
 
 		 297 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  45.52 
 
 		 314 aa  266  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.4 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.4 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.4 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.4 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.4 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.4 
 
 		 303 aa  265  8e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  46.74 
 
 		 317 aa  265  8e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.71 
 
 		 303 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.71 
 
 		 303 aa  264  2e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  47.59 
 
 		 304 aa  263  3e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  48.15 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.71 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.06 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  47.37 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.67 
 
 		 303 aa  259  3e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  48.47 
 
 		 313 aa  258  7e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  47.3 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  49.32 
 
 		 331 aa  246  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  45.27 
 
 		 313 aa  245  6.999999999999999e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  45.39 
 
 		 296 aa  245  9e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  45.42 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  39.66 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  44.83 
 
 		 296 aa  243  3e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0177  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.85 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2832  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 307 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2977  pyruvate carboxyltransferase  44.1 
 
 		 307 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.75 
 
 		 315 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  44.1 
 
 		 307 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1526  pyruvate carboxyltransferase  44.1 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2326  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43357 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  48.34 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1668  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1715  pyruvate carboxyltransferase  43.97 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  41.59 
 
 		 317 aa  235  9e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.63 
 
 		 729 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.23 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  43.62 
 
 		 315 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  44.15 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3494  pyruvate carboxyltransferase  41.4 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.243466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.4 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  46.98 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  40.35 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  41.49 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  42.2 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2929  pyruvate carboxyltransferase  41.16 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0756431  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.75 
 
 		 299 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  41.84 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  42.61 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  43.16 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.52 
 
 		 311 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.52 
 
 		 311 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.52 
 
 		 311 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  41.58 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2780  pyruvate carboxyltransferase  40.21 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  0.241199 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  46.42 
 
 		 744 aa  227  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  41.58 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.81 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>