More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3494 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3494  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 317 aa  644    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.243466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  95.58 
 
 		 317 aa  619  1e-176  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  66.78 
 
 		 304 aa  413  1e-114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3976  pyruvate carboxyltransferase  46.52 
 
 		 317 aa  259  4e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0304522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  45.85 
 
 		 296 aa  257  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  43.93 
 
 		 304 aa  248  9e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1697  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.67 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00979317  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  40.73 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  44.19 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0968  pyruvate carboxyltransferase  44.04 
 
 		 307 aa  235  8e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.513623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.19 
 
 		 326 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  41.4 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  39.67 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  41.2 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.2 
 
 		 319 aa  225  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  41.67 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  42.05 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  42.05 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.4 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2780  pyruvate carboxyltransferase  37.84 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  0.241199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  38.74 
 
 		 311 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  40.69 
 
 		 315 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  39.02 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  38.64 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  37.88 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0177  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.53 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 315 aa  219  6e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  40.4 
 
 		 308 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  41.53 
 
 		 303 aa  218  7.999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2863  pyruvate carboxyltransferase  41.23 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.46392  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  37.54 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.49 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 326 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  40.4 
 
 		 328 aa  215  7e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  37.54 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 327 aa  215  9e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.2 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  40.66 
 
 		 308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1146  pyruvate carboxyltransferase  43.14 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4523  pyruvate carboxyltransferase  41.69 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278564  normal  0.113304 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6617  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.33 
 
 		 319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.567308  normal  0.390132 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1975  pyruvate carboxyltransferase  40.33 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00960941  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  40.13 
 
 		 313 aa  212  7e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  40.54 
 
 		 325 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  40.07 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.87 
 
 		 315 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.26457  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.45 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02416  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  35.4 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  39.93 
 
 		 297 aa  208  8e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0753  pyruvate carboxyltransferase  37.33 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1542  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  33.79 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.131196  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  36.12 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  36.9 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.13 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  35.37 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  37.11 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4199  pyruvate carboxyltransferase  43.92 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.380986  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  35.62 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  38.59 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  38.59 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  38.93 
 
 		 320 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  34.25 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  42.21 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  33.56 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1462  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.21 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.93 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0633  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  33.45 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  36.79 
 
 		 331 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2742  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.22 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2390  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.87 
 
 		 303 aa  202  4e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.369833 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  35.12 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.88 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2929  pyruvate carboxyltransferase  35.99 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0756431  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2773  pyruvate carboxyltransferase  42.03 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5035  pyruvate carboxyltransferase  38.54 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  36 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  37.33 
 
 		 324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2063  pyruvate carboxyltransferase  35.27 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0961  pyruvate carboxyltransferase  40.07 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.069513  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05273  3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A lyase/3-methylglutaconyl-coenzyme A hydratase (EC 4.1.3.4)(EC 4.2.1.18) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6S014]  36.77 
 
 		 599 aa  200  3e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.347874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.4 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.88 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.62 
 
 		 327 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4049  pyruvate carboxyltransferase  40.13 
 
 		 360 aa  198  7.999999999999999e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.651223  normal  0.299101 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.54 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2471  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  34.59 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  35.27 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.21 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  37.58 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2126  pyruvate carboxyltransferase  34.33 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.129667  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  35.52 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.21 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0121  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.45 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3354  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.39 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1943  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  35.27 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483934  hitchhiker  0.000417953 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6411  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase  38.46 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565607 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  36.18 
 
 		 309 aa  196  6e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.64 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.53 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>