More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4250 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 315 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  84.66 
 
 		 318 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  82.18 
 
 		 312 aa  511  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  79.28 
 
 		 308 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  74.01 
 
 		 311 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  74.09 
 
 		 308 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  69.77 
 
 		 306 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  69.44 
 
 		 308 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.52 
 
 		 336 aa  347  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  52.98 
 
 		 309 aa  342  2.9999999999999997e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  58.59 
 
 		 326 aa  342  5e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.59 
 
 		 313 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  55.93 
 
 		 324 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  54 
 
 		 321 aa  335  7e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  54.79 
 
 		 315 aa  334  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  54.46 
 
 		 320 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.52 
 
 		 321 aa  330  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  53.85 
 
 		 329 aa  331  1e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  54.1 
 
 		 320 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  54.1 
 
 		 320 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  54.93 
 
 		 331 aa  329  4e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.7 
 
 		 327 aa  329  4e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  54.61 
 
 		 331 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  52.96 
 
 		 320 aa  322  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  53.95 
 
 		 320 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.67 
 
 		 326 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  53.59 
 
 		 332 aa  317  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  53.4 
 
 		 325 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  50.84 
 
 		 327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.5 
 
 		 326 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  50 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50.57 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.85 
 
 		 309 aa  276  2e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  49 
 
 		 328 aa  272  6e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  48.61 
 
 		 317 aa  270  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  48.26 
 
 		 315 aa  269  5e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  49.14 
 
 		 304 aa  268  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  46.62 
 
 		 314 aa  267  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  45.82 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.83 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.55 
 
 		 319 aa  264  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  50 
 
 		 313 aa  262  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  47.47 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  47.02 
 
 		 294 aa  258  7e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.36 
 
 		 303 aa  256  3e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.36 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.36 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.36 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.36 
 
 		 303 aa  256  5e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.01 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.36 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.67 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.01 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.67 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  46.91 
 
 		 301 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.97 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  41.69 
 
 		 301 aa  250  3e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  46.96 
 
 		 303 aa  248  1e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  46.13 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  45.17 
 
 		 296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2832  pyruvate carboxyltransferase  44.79 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  46.18 
 
 		 296 aa  242  5e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2977  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 307 aa  242  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  45.05 
 
 		 313 aa  242  7e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0177  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.85 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1526  pyruvate carboxyltransferase  44.1 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  43.82 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  46.86 
 
 		 331 aa  238  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  42.72 
 
 		 317 aa  238  9e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.74 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2326  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.08 
 
 		 315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.74 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1715  pyruvate carboxyltransferase  41.24 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  44.11 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1668  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.74 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.01 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3494  pyruvate carboxyltransferase  40.69 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.243466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  47.44 
 
 		 312 aa  233  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  43.16 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  44.3 
 
 		 310 aa  229  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.44 
 
 		 729 aa  229  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.27 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  43.16 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  44.22 
 
 		 304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  46.1 
 
 		 314 aa  225  6e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.67 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  41.99 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  44.04 
 
 		 329 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.35 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  42.96 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 311 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 311 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 311 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  41.84 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.64 
 
 		 303 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  41.52 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  40 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2126  pyruvate carboxyltransferase  43.23 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.129667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6617  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.43 
 
 		 319 aa  222  7e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.567308  normal  0.390132 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>