More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5024 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 311 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  78.83 
 
 		 308 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  77.85 
 
 		 312 aa  494  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  76.72 
 
 		 318 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  74.01 
 
 		 315 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  68.23 
 
 		 308 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  65.79 
 
 		 306 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  66.56 
 
 		 308 aa  411  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.96 
 
 		 336 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  56.81 
 
 		 326 aa  353  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  55.78 
 
 		 320 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  56.42 
 
 		 321 aa  353  2.9999999999999997e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.81 
 
 		 321 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  55.78 
 
 		 320 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  55.78 
 
 		 320 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  54.28 
 
 		 324 aa  350  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  54.33 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  54.58 
 
 		 320 aa  345  4e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.07 
 
 		 327 aa  344  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  54.9 
 
 		 320 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  54.15 
 
 		 329 aa  340  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.98 
 
 		 313 aa  335  5.999999999999999e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  55.48 
 
 		 331 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  53.11 
 
 		 315 aa  333  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  55.85 
 
 		 325 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  55.48 
 
 		 331 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  53.31 
 
 		 332 aa  329  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  51.5 
 
 		 327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51 
 
 		 326 aa  318  6e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  48.33 
 
 		 326 aa  290  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  47.47 
 
 		 327 aa  286  2e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  48.96 
 
 		 315 aa  279  4e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  46.91 
 
 		 305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  48.3 
 
 		 328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.83 
 
 		 309 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.21 
 
 		 319 aa  269  5.9999999999999995e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 317 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  46.64 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  45.93 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 303 aa  258  7e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.1 
 
 		 303 aa  258  7e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.49 
 
 		 297 aa  258  8e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  46.32 
 
 		 294 aa  258  9e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 303 aa  256  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.1 
 
 		 303 aa  256  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.44 
 
 		 303 aa  256  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  43.1 
 
 		 314 aa  256  3e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.89 
 
 		 299 aa  256  4e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.4 
 
 		 303 aa  256  5e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  46.31 
 
 		 303 aa  252  7e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  44.37 
 
 		 313 aa  251  9.000000000000001e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.32 
 
 		 303 aa  249  3e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  45.79 
 
 		 303 aa  245  9e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  42.66 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  40.82 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  43 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  41.02 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  41.75 
 
 		 301 aa  235  7e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  39.8 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0177  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.66 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2832  pyruvate carboxyltransferase  41.36 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2977  pyruvate carboxyltransferase  41.5 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1526  pyruvate carboxyltransferase  41.5 
 
 		 307 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  43.43 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  41.16 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  39.19 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  45.39 
 
 		 312 aa  229  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.7 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  39.74 
 
 		 317 aa  228  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  41.75 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  40.85 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  42.81 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  43.48 
 
 		 744 aa  226  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  44.71 
 
 		 331 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.7 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2326  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.07 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.07 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.04 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000381  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.64 
 
 		 309 aa  225  8e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1668  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.6 
 
 		 310 aa  225  9e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  38.23 
 
 		 306 aa  225  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1715  pyruvate carboxyltransferase  39.86 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.35 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.86 
 
 		 315 aa  223  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  41.72 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.48 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.14 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0086  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.75 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.86 
 
 		 284 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.46 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  41.24 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3494  pyruvate carboxyltransferase  38.74 
 
 		 317 aa  222  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.243466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.47 
 
 		 729 aa  222  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  43.33 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  221  9e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.91 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>