More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2353 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  100 
 
 		 327 aa  660    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  76.7 
 
 		 312 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  75.17 
 
 		 313 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  75.5 
 
 		 313 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  75.5 
 
 		 315 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  77 
 
 		 315 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  73.91 
 
 		 323 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  74.25 
 
 		 323 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  70.94 
 
 		 324 aa  444  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  72.85 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  72.08 
 
 		 317 aa  440  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  74.67 
 
 		 313 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  73.36 
 
 		 319 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  73.03 
 
 		 314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  54.85 
 
 		 313 aa  318  6e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  56.42 
 
 		 331 aa  317  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  54.39 
 
 		 302 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.55 
 
 		 729 aa  312  3.9999999999999997e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  53.11 
 
 		 744 aa  312  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  53.54 
 
 		 333 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  53.2 
 
 		 328 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  53.38 
 
 		 309 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  53.97 
 
 		 312 aa  304  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  52.19 
 
 		 328 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  52.19 
 
 		 328 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  51.85 
 
 		 328 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  51.32 
 
 		 325 aa  298  7e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  50.84 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  48.34 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.39 
 
 		 299 aa  226  6e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.76 
 
 		 319 aa  219  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  38.59 
 
 		 321 aa  216  4e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  42.03 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.89 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  41.61 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  41.97 
 
 		 305 aa  213  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.22 
 
 		 297 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.16 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  41.61 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  40.2 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  41.06 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  41.69 
 
 		 328 aa  209  7e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  41.69 
 
 		 297 aa  209  7e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  44.6 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  41.64 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  42.7 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  39.53 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.24 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  41.5 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  42.86 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1922  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.53 
 
 		 308 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4155  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.03 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  41.36 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0477  pyruvate carboxyltransferase  41.37 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0312  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.42 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0343  pyruvate carboxyltransferase  40.77 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  41.53 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.02 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  39.05 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.91 
 
 		 336 aa  202  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  38.32 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  40.07 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  42.86 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  42.5 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.47 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.7 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2776  pyruvate carboxyltransferase  41.34 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.26 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4710  pyruvate carboxyltransferase  42.09 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  41.24 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2063  pyruvate carboxyltransferase  38.11 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  42.18 
 
 		 332 aa  199  7.999999999999999e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  39.93 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  40.68 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  39.22 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.67 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5964  pyruvate carboxyltransferase  40.86 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0367175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.79 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0153  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.82 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.03 
 
 		 326 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.96 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  38.64 
 
 		 311 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  39.73 
 
 		 320 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.29 
 
 		 309 aa  196  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0086  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.21 
 
 		 301 aa  196  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  41.39 
 
 		 324 aa  195  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  42.91 
 
 		 325 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5035  pyruvate carboxyltransferase  43.09 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.1 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0607  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.79 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.314247  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  38.98 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  38.69 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  39.39 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  39.39 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.05 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.32 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4194  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.2 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  42.38 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>