73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0901 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  100 
 
 		 363 aa  741    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  50 
 
 		 372 aa  337  9.999999999999999e-92  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  32.17 
 
 		 436 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  36.54 
 
 		 383 aa  155  7e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  32.55 
 
 		 408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  29.2 
 
 		 403 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  32.81 
 
 		 340 aa  97.1  4e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  30.8 
 
 		 396 aa  89.4  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  35.66 
 
 		 381 aa  86.7  6e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  27.08 
 
 		 587 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  27.85 
 
 		 441 aa  77.8  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.51 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0262  type I restriction-modification system specificity determinant  40.78 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.874092  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  32.61 
 
 		 563 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  32.61 
 
 		 561 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.77 
 
 		 501 aa  71.6  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.77 
 
 		 400 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  25.52 
 
 		 495 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  24.46 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  24.64 
 
 		 500 aa  69.7  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  24.83 
 
 		 364 aa  68.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  24.91 
 
 		 360 aa  67  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.04 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  31.17 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.88 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  25.26 
 
 		 436 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  24.34 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.21 
 
 		 399 aa  61.6  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  22.76 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.38 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  20.45 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  22.54 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.64 
 
 		 417 aa  60.1  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.71 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  23.08 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  27.82 
 
 		 397 aa  56.2  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.55 
 
 		 390 aa  56.2  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  22.92 
 
 		 393 aa  56.2  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.06 
 
 		 477 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 420 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1954  restriction endonuclease S subunit  26.83 
 
 		 216 aa  52.8  0.000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  22.46 
 
 		 413 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  28.95 
 
 		 411 aa  50.4  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.29 
 
 		 400 aa  50.1  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 351 aa  48.9  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  25.09 
 
 		 386 aa  48.9  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  28.1 
 
 		 391 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.9 
 
 		 426 aa  48.5  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  23.15 
 
 		 409 aa  48.9  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.11 
 
 		 437 aa  47.8  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.98 
 
 		 411 aa  47.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.14 
 
 		 422 aa  47.4  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.19 
 
 		 400 aa  47  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 		 440 aa  47  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.37 
 
 		 457 aa  46.6  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  21.4 
 
 		 415 aa  46.6  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.82 
 
 		 390 aa  45.8  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  23.49 
 
 		 419 aa  45.8  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  21.21 
 
 		 393 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  27.93 
 
 		 399 aa  45.4  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.71 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  21.91 
 
 		 368 aa  46.2  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.47 
 
 		 422 aa  44.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  21.4 
 
 		 382 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.84 
 
 		 408 aa  45.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  22.33 
 
 		 439 aa  44.3  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  22.48 
 
 		 461 aa  43.9  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  23.43 
 
 		 417 aa  43.1  0.008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.43 
 
 		 401 aa  42.7  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.09 
 
 		 562 aa  42.7  0.01  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>