More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3152 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
487 aa  946    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.81 
 
 
503 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.23 
 
 
760 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.44099  normal  0.232019 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  28.73 
 
 
412 aa  89.4  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  28.52 
 
 
482 aa  87.8  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  29.45 
 
 
811 aa  86.7  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 
482 aa  85.1  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2270  cyclic nucleotide-binding protein  28.91 
 
 
477 aa  80.1  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166052 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.97 
 
 
858 aa  79  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  26.94 
 
 
482 aa  78.6  0.0000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  26.24 
 
 
454 aa  72  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  34.62 
 
 
417 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.91 
 
 
223 aa  67.4  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  25.36 
 
 
441 aa  66.2  0.000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  31.3 
 
 
286 aa  65.1  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.74 
 
 
234 aa  65.1  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.63 
 
 
225 aa  64.7  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  35.88 
 
 
225 aa  64.3  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  29.01 
 
 
212 aa  63.5  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 
512 aa  63.2  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.95 
 
 
224 aa  62.4  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1298  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  36.9 
 
 
177 aa  61.6  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000825589  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.37 
 
 
171 aa  61.6  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.32 
 
 
232 aa  60.5  0.00000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27248  predicted protein  28.69 
 
 
680 aa  60.1  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.2735 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 
419 aa  60.1  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29662  predicted protein  28.69 
 
 
680 aa  60.1  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.226582  normal  0.0425728 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  29.33 
 
 
167 aa  60.5  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
232 aa  59.7  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  36.17 
 
 
495 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  59.7  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  28.78 
 
 
322 aa  58.5  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  31.3 
 
 
261 aa  58.9  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0840  cyclic nucleotide-binding protein  34.62 
 
 
350 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126759 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  24.19 
 
 
801 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0236  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.27 
 
 
179 aa  58.9  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.754806 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
225 aa  59.3  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1843  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  30.58 
 
 
1012 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00224426  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  27.13 
 
 
210 aa  58.2  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.48 
 
 
231 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  27.13 
 
 
210 aa  58.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.45 
 
 
129 aa  58.2  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  26.78 
 
 
1018 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  29.33 
 
 
164 aa  58.2  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 
637 aa  58.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  26.92 
 
 
210 aa  58.2  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.61 
 
 
225 aa  57.8  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  27.18 
 
 
570 aa  57.4  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  33.83 
 
 
167 aa  57.8  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.81 
 
 
225 aa  57.8  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  27.13 
 
 
210 aa  57.4  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.07 
 
 
224 aa  57.4  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  32.82 
 
 
367 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  32.47 
 
 
413 aa  57.4  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  32.73 
 
 
222 aa  57.4  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  30.46 
 
 
312 aa  57  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
222 aa  57  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  56.6  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
211 aa  56.6  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
227 aa  56.2  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  56.6  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.08 
 
 
251 aa  56.2  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  32.59 
 
 
563 aa  56.2  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.79 
 
 
235 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
219 aa  56.2  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  29.46 
 
 
214 aa  56.2  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
211 aa  56.2  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.79 
 
 
235 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  56.2  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  23.5 
 
 
241 aa  56.2  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  34.38 
 
 
355 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  34.38 
 
 
220 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  34.95 
 
 
449 aa  55.5  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3025  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.36 
 
 
179 aa  55.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339332  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  34.82 
 
 
412 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
235 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  55.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
211 aa  55.8  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  34.04 
 
 
584 aa  55.8  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
211 aa  55.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  26.36 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>