231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3025 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3025  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 179 aa  363  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339332  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  32.09 
 
 		 381 aa  74.7  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 		 167 aa  72.4  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  31.41 
 
 		 164 aa  71.6  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  32.62 
 
 		 167 aa  69.3  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.46 
 
 		 503 aa  65.1  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1482  hypothetical protein  30.08 
 
 		 401 aa  63.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 563 aa  63.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.29 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  32.17 
 
 		 860 aa  62.8  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  30.4 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1501  hypothetical protein  30.08 
 
 		 401 aa  62.8  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 164 aa  60.8  0.000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 857 aa  60.5  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  34.59 
 
 		 165 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  34.29 
 
 		 801 aa  60.1  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  25.9 
 
 		 570 aa  60.1  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02481  Lysophospholipase nte1 (EC 3.1.1.5)(Neuropathy target esterase homolog)(Intracellular phospholipase B) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BAE9]  27.1 
 
 		 1408 aa  58.5  0.00000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0963788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.91 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.23 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1803  cyclic nucleotide-binding protein  28.36 
 
 		 271 aa  57.8  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00580763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1100  cyclic nucleotide-binding protein  30.14 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.327334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.43 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.96 
 
 		 487 aa  55.8  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  30.66 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  32.71 
 
 		 598 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  29.51 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  31.9 
 
 		 156 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  31.75 
 
 		 1048 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  31.06 
 
 		 413 aa  55.5  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4598  cyclic nucleotide-binding protein  27.61 
 
 		 581 aa  54.7  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649502  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  32.17 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  29.69 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3570  putative glutaminase  33.33 
 
 		 620 aa  54.3  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.615084 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  28.21 
 
 		 275 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  34.09 
 
 		 144 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.93 
 
 		 151 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  33.63 
 
 		 155 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  31.17 
 
 		 811 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  28.18 
 
 		 583 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.28 
 
 		 858 aa  53.1  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  32.58 
 
 		 158 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  29.5 
 
 		 747 aa  52.8  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.52 
 
 		 231 aa  52.4  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 227 aa  52.4  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.21 
 
 		 155 aa  52  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0750  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 238 aa  51.6  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  51.6  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3179  cyclic nucleotide-binding protein  31.96 
 
 		 639 aa  51.6  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  27.61 
 
 		 577 aa  51.2  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.74 
 
 		 225 aa  51.2  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  28.07 
 
 		 495 aa  51.2  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 234 aa  51.2  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  32.11 
 
 		 407 aa  51.2  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  27.21 
 
 		 155 aa  51.6  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  27.81 
 
 		 237 aa  51.2  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  25.83 
 
 		 621 aa  50.8  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.142446 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03665  sulfate transporter family protein (AFU_orthologue; AFUA_4G12440)  28.38 
 
 		 1053 aa  50.4  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.67 
 
 		 225 aa  50.8  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4541  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 426 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.2 
 
 		 146 aa  49.7  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 512 aa  49.7  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3151  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.67 
 
 		 196 aa  49.7  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355427  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 219 aa  49.3  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  30.23 
 
 		 417 aa  49.3  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1433  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.46 
 
 		 408 aa  49.3  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.532362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5025  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 		 749 aa  49.3  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0554599  normal  0.33022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 236 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  35.23 
 
 		 169 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 226 aa  48.9  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  32.26 
 
 		 160 aa  48.9  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  28.3 
 
 		 528 aa  48.9  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 243 aa  48.9  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2437  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  30 
 
 		 179 aa  48.5  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  29.22 
 
 		 164 aa  48.5  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.34 
 
 		 225 aa  48.5  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.45 
 
 		 224 aa  48.5  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  28.26 
 
 		 147 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.4 
 
 		 1056 aa  48.1  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 240 aa  48.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2556  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.5 
 
 		 198 aa  48.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  24.26 
 
 		 435 aa  48.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.74 
 
 		 227 aa  48.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 233 aa  47.8  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  31.29 
 
 		 169 aa  47.8  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  26.17 
 
 		 154 aa  47.8  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  31.45 
 
 		 355 aa  47.8  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  27.45 
 
 		 409 aa  47.8  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  32.18 
 
 		 161 aa  47  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 249 aa  47  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  29.29 
 
 		 482 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  31.25 
 
 		 1065 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 		 236 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 242 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  24.09 
 
 		 154 aa  46.6  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>