More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1294 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1294  alpha amylase, catalytic domain protein  100 
 
 		 566 aa  1181    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  32.16 
 
 		 535 aa  239  8e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  31.58 
 
 		 551 aa  237  4e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  32.56 
 
 		 553 aa  233  5e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  33.27 
 
 		 540 aa  233  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  30.05 
 
 		 543 aa  230  6e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  30.09 
 
 		 1088 aa  228  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  30.09 
 
 		 1088 aa  228  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1418  trehalose synthase-like protein  30.67 
 
 		 1134 aa  226  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0738  trehalose synthase  30.03 
 
 		 598 aa  226  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.197847  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0862  trehalose synthase  30.54 
 
 		 598 aa  225  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  33.19 
 
 		 541 aa  225  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  29.74 
 
 		 1088 aa  224  3e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  31.42 
 
 		 548 aa  224  3e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  29.5 
 
 		 1085 aa  224  4e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  34.47 
 
 		 540 aa  224  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  33.12 
 
 		 542 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2490  Alpha amylase, catalytic region  30.08 
 
 		 1108 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  34.03 
 
 		 538 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  33.19 
 
 		 541 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  32.01 
 
 		 549 aa  221  3e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  33.56 
 
 		 537 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  31.27 
 
 		 538 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0330  trehalose synthase  31.26 
 
 		 551 aa  220  5e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  31.29 
 
 		 532 aa  220  5e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  30.6 
 
 		 533 aa  220  7e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22530  alpha amylase catalytic region  30.94 
 
 		 562 aa  219  8.999999999999998e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  28.49 
 
 		 1092 aa  219  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  32.18 
 
 		 448 aa  219  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  30.28 
 
 		 1154 aa  219  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  27.63 
 
 		 1088 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2761  alpha-amylase family protein  29.68 
 
 		 1108 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.142181  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05183  hypothetical protein  30.42 
 
 		 1160 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0584538  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6807  trehalose synthase  28.49 
 
 		 1088 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267695  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6321  trehalose synthase  29.53 
 
 		 1137 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0765728  normal  0.0985799 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2418  trehalose synthase  32.25 
 
 		 591 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.482185  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  29.39 
 
 		 1095 aa  217  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2862  putative trehalose synthase  30.09 
 
 		 1154 aa  217  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2535  Alpha amylase, catalytic region  28.36 
 
 		 1113 aa  217  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592261 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03668  alpha-amylase family protein  31.38 
 
 		 1101 aa  216  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5591  trehalose synthase  29.53 
 
 		 1137 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00664495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  31 
 
 		 1136 aa  216  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  30.98 
 
 		 545 aa  215  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  30.12 
 
 		 537 aa  216  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  31.43 
 
 		 540 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4059  trehalose synthase  29.22 
 
 		 1106 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1784  trehalose synthase  29.22 
 
 		 1106 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0687531  normal  0.178352 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  30.46 
 
 		 529 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  32.08 
 
 		 1108 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3658  trehalose synthase  29.34 
 
 		 1106 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100309  hitchhiker  0.000190821 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  31.7 
 
 		 525 aa  215  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1816  trehalose synthase  29.39 
 
 		 1105 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.482452 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2294  trehalose synthase  30.02 
 
 		 1100 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00139705  decreased coverage  0.000000883241 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  31.98 
 
 		 542 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  29.87 
 
 		 572 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28000  trehalose synthase, maltokinase fusion protein  29.68 
 
 		 1108 aa  214  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  31.93 
 
 		 563 aa  214  3.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  30.44 
 
 		 536 aa  214  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  30.04 
 
 		 1115 aa  214  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  30.15 
 
 		 1152 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  29.54 
 
 		 1137 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3202  trehalose synthase  29.87 
 
 		 572 aa  213  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169478  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  29.54 
 
 		 1137 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  29.54 
 
 		 1137 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  31.96 
 
 		 535 aa  213  7e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3101  trehalose synthase  30.23 
 
 		 553 aa  213  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0874  trehalose synthase  31.56 
 
 		 591 aa  213  9e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3938  trehalose synthase  29.85 
 
 		 1164 aa  213  9e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.278548 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4051  trehalose synthase  29.85 
 
 		 1164 aa  213  9e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  32.1 
 
 		 528 aa  212  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0248  trehalose synthase  29.63 
 
 		 682 aa  213  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  28.38 
 
 		 1102 aa  212  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7033  glycoside hydrolase family protein  30.43 
 
 		 1138 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1605  Alpha amylase, catalytic region  29.04 
 
 		 1100 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4791  trehalose synthase  30.54 
 
 		 1114 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0872883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  28.38 
 
 		 1102 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  27.99 
 
 		 1102 aa  211  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  31.8 
 
 		 524 aa  210  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2378  trehalose synthase  31.31 
 
 		 1099 aa  209  8e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09530  trehalose synthase  31.24 
 
 		 616 aa  209  8e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0126858  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  29.03 
 
 		 1100 aa  209  9e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2782  trehalose synthase  31.08 
 
 		 1098 aa  209  1e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0243  alpha amylase catalytic region  31 
 
 		 536 aa  209  1e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2968  trehalose synthase  28.67 
 
 		 553 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  29.39 
 
 		 547 aa  208  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1096  trehalose synthase  29.64 
 
 		 587 aa  208  2e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2519  alpha amylase  28.84 
 
 		 582 aa  208  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  31.02 
 
 		 1139 aa  208  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1630  trehalose synthase  30.77 
 
 		 562 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.325402 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1118  oligo-1,6-glucosidase  31.39 
 
 		 558 aa  207  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00264328  normal  0.397885 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1980  trehalose synthase  30.18 
 
 		 1109 aa  207  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0525025  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1778  trehalose synthase  30.66 
 
 		 558 aa  207  5e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0830  Alpha amylase, catalytic region  29.12 
 
 		 1104 aa  206  7e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2716  alpha amylase catalytic region  31.43 
 
 		 559 aa  206  8e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0292835  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1934  alpha amylase catalytic region  31.79 
 
 		 643 aa  206  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2310  trehalose synthase  28.81 
 
 		 1098 aa  206  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.178439  normal  0.197937 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  31.01 
 
 		 574 aa  206  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  30.16 
 
 		 560 aa  205  1e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  29.38 
 
 		 1131 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2353  alpha amylase domain-containing protein  27.46 
 
 		 1110 aa  205  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.544253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>