More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3117 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3117  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 		 316 aa  641    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.762727  normal  0.80653 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1801  cytochrome c oxidase subunit II  79.92 
 
 		 288 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0956  cytochrome c oxidase, subunit II  52.08 
 
 		 280 aa  255  9e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.137087 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3078  cytochrome c oxidase, subunit II  48.02 
 
 		 260 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000302907  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3300  cytochrome c oxidase, subunit II  49.41 
 
 		 323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.86185  normal  0.446784 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3532  cytochrome c oxidase subunit II  49.8 
 
 		 323 aa  242  6e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.636307  decreased coverage  0.000170854 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3150  cytochrome c oxidase, subunit II  50.79 
 
 		 340 aa  242  6e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3255  cytochrome c oxidase subunit II  45.62 
 
 		 316 aa  242  7e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000163024  hitchhiker  0.0000318285 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1667  cytochrome c oxidase, subunit II  50.42 
 
 		 287 aa  242  7e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.23675 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4128  cytochrome c oxidase subunit II  52.53 
 
 		 269 aa  241  1e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1015  cytochrome c oxidase subunit II  48.03 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0476756  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1289  cytochrome c oxidase, subunit II  50.87 
 
 		 275 aa  228  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.353123  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1367  cytochrome c oxidase, subunit II  47.45 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2670  cytochrome c oxidase, subunit II  48.33 
 
 		 265 aa  224  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0983455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3259  Cytochrome c oxidase subunit II  44.18 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0696554 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3345  cytochrome c oxidase, subunit II  47.56 
 
 		 289 aa  223  4e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2016  cytochrome c oxidase, subunit II  42.53 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16250  cytochrome c oxidase, subunit II  43.45 
 
 		 304 aa  212  7.999999999999999e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.178752  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2082  cytochrome c oxidase, subunit II  41.54 
 
 		 289 aa  209  6e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15630  cytochrome c oxidase, subunit II  41.42 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.806307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1453  cytochrome c oxidase, subunit II  42.75 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0600133  normal  0.252589 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1885  cytochrome c oxidase, subunit II  44.04 
 
 		 288 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.247552  hitchhiker  0.00527672 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1537  cytochrome c oxidase subunit II  34.94 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162083  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3141  cytochrome c oxidase, subunit II  37.93 
 
 		 324 aa  193  4e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3061  cytochrome c oxidase subunit II  36.09 
 
 		 398 aa  192  9e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.708633  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1824  cytochrome c oxidase subunit II  41.25 
 
 		 257 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12228  transmembrane cytochrome C oxidase subunit II ctaC  37.04 
 
 		 363 aa  185  7e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2217  cytochrome c oxidase, subunit II  41.18 
 
 		 290 aa  182  8.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14120  cytochrome c oxidase, subunit II  39.73 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10630  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidases, subunit 2  44.05 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.315267 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3360  cytochrome c oxidase, subunit II  36.33 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.773952  normal  0.0585586 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1954  cytochrome c oxidase, subunit II  38.78 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000330547 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3309  cytochrome c oxidase, subunit II  36.33 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3298  cytochrome c oxidase, subunit II  36.33 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2949  cytochrome c oxidase, subunit II  36.03 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3564  cytochrome c oxidase, subunit II  35.79 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.205108  normal  0.039922 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12220  cytochrome c oxidase, subunit II  35.66 
 
 		 286 aa  158  9e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0561533  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  30.65 
 
 		 401 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  30.65 
 
 		 401 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  31.43 
 
 		 524 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  33.05 
 
 		 520 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  35.02 
 
 		 374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  35.19 
 
 		 366 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  32.03 
 
 		 513 aa  135  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  31.36 
 
 		 512 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  31.47 
 
 		 511 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  31.22 
 
 		 513 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  31.47 
 
 		 513 aa  133  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  30.8 
 
 		 513 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  30.8 
 
 		 513 aa  132  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  31.22 
 
 		 384 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  30.42 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  32.77 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  30.59 
 
 		 373 aa  130  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  30.9 
 
 		 518 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  30.21 
 
 		 518 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  32.88 
 
 		 375 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  30.21 
 
 		 518 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  30.47 
 
 		 518 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  32.91 
 
 		 521 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  29.96 
 
 		 388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  28.51 
 
 		 528 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  31.39 
 
 		 519 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  28.98 
 
 		 405 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  30.04 
 
 		 281 aa  125  7e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  30.25 
 
 		 524 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  32.12 
 
 		 320 aa  125  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  28.03 
 
 		 523 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  31 
 
 		 374 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 375 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  30.63 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  30.35 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  32.84 
 
 		 375 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  31.82 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  28.63 
 
 		 378 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  32.84 
 
 		 375 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  30.17 
 
 		 387 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  28.35 
 
 		 377 aa  119  7e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  32.74 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  30.11 
 
 		 388 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  30.3 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  32.2 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  32.23 
 
 		 377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  32.29 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  32.29 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  31.45 
 
 		 367 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  31.28 
 
 		 377 aa  116  5e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  31.22 
 
 		 398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  29.64 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  31.78 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  32.2 
 
 		 255 aa  113  4.0000000000000004e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  29.66 
 
 		 380 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0913  cytochrome-c oxidase  32.97 
 
 		 349 aa  113  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0214333  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2797  cytochrome c oxidase, subunit II  31.71 
 
 		 249 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  28.57 
 
 		 254 aa  111  2.0000000000000002e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0223  cytochrome c oxidase, subunit II  30.13 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0761  cytochrome c oxidase, subunit II  30.13 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  33 
 
 		 422 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2234  cytochrome-c oxidase  30.73 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00748725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>