More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_3356 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_3356  phage integrase family protein  100 
 
 		 352 aa  736    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4048  integrase family protein  52.24 
 
 		 343 aa  354  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.900099 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0401  integrase family protein  51.06 
 
 		 337 aa  313  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.663201  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4117  integrase family protein  50.15 
 
 		 337 aa  309  5.9999999999999995e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.944065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3686  putative phage integrase  43.81 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0710  integrase family protein  44.27 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4797  phage integrase  37.97 
 
 		 308 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36590  phage integrase  35.95 
 
 		 415 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.706618  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1421  Phage integrase  35.41 
 
 		 468 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.602834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4530  phage integrase family site specific recombinase  34.29 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4434  phage integrase family site specific recombinase  35.28 
 
 		 427 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51650  putative integrase  34.95 
 
 		 426 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000506916  hitchhiker  0.0000630791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60140  xerD-like putative integrase  31.25 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000287702  hitchhiker  0.00000000219898 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0001  integrase  28.89 
 
 		 265 aa  124  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0743  phage integrase family site specific recombinase  52.94 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  22.88 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  27.9 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  23.49 
 
 		 329 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.28 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1227  integrase family protein  24.27 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.842173  decreased coverage  0.000216705 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  27.65 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  34.36 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3445  integrase family protein  23.1 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.08 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  24.69 
 
 		 293 aa  62.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  23.46 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  23.53 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  24.38 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  29.81 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  28.04 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  24.33 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  27.93 
 
 		 210 aa  58.5  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000251547  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.42 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  24.06 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  28.9 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.43 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.43 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.9 
 
 		 298 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.43 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.76 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.43 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.43 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  23.67 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.43 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.43 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1360  integrase/recombinase  24.17 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6099899999999998e-31 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.76 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  23.9 
 
 		 365 aa  56.2  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  24.26 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  24.32 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5548  integrase family protein  25.43 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  25.63 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  25.08 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.64 
 
 		 298 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  23.34 
 
 		 498 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  25.93 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4828  phage integrase  24.32 
 
 		 433 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281268  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  25.19 
 
 		 323 aa  54.3  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  25.49 
 
 		 294 aa  53.9  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 294 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.16 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  21.94 
 
 		 310 aa  53.5  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  24.53 
 
 		 304 aa  53.5  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  24.59 
 
 		 317 aa  53.1  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.04 
 
 		 319 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  26.01 
 
 		 308 aa  52.8  0.000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 303 aa  52.8  0.000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  25.7 
 
 		 305 aa  52.8  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  27.95 
 
 		 279 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2194  integrase family protein  26.67 
 
 		 329 aa  52.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00000240835  hitchhiker  0.000237132 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  28.57 
 
 		 298 aa  52.4  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  23.34 
 
 		 304 aa  52.8  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  24.33 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  22.67 
 
 		 295 aa  52.4  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  24.22 
 
 		 301 aa  52.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.65 
 
 		 355 aa  52.4  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  23.82 
 
 		 397 aa  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  27.86 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  22.77 
 
 		 297 aa  51.6  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  26.01 
 
 		 278 aa  51.6  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 318 aa  51.6  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  33.55 
 
 		 305 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5530  site-specific tyrosine recombinase XerS  20.13 
 
 		 357 aa  50.8  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.267916  hitchhiker  0.00142122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  24.38 
 
 		 321 aa  51.2  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  25.75 
 
 		 313 aa  50.8  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  21.52 
 
 		 338 aa  50.8  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  22.47 
 
 		 411 aa  50.1  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  27.11 
 
 		 325 aa  50.4  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.3 
 
 		 317 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.09 
 
 		 314 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  22.03 
 
 		 290 aa  49.7  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  22.29 
 
 		 304 aa  49.7  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.56 
 
 		 298 aa  49.7  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  29.07 
 
 		 328 aa  49.7  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.75 
 
 		 305 aa  49.7  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  29.09 
 
 		 305 aa  49.7  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>