More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1421 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1421  Phage integrase  100 
 
 		 468 aa  970    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.602834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36590  phage integrase  59.28 
 
 		 415 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.706618  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51650  putative integrase  51.94 
 
 		 426 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000506916  hitchhiker  0.0000630791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4434  phage integrase family site specific recombinase  57.1 
 
 		 427 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4530  phage integrase family site specific recombinase  49.4 
 
 		 449 aa  372  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60140  xerD-like putative integrase  57.75 
 
 		 306 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000287702  hitchhiker  0.00000000219898 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4797  phage integrase  38.89 
 
 		 308 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3686  putative phage integrase  34.89 
 
 		 322 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0710  integrase family protein  33.54 
 
 		 324 aa  186  7e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3356  phage integrase family protein  35.41 
 
 		 352 aa  184  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0401  integrase family protein  35.69 
 
 		 337 aa  179  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.663201  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4048  integrase family protein  35.08 
 
 		 343 aa  176  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.900099 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4117  integrase family protein  34.68 
 
 		 337 aa  176  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.944065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0001  integrase  32.7 
 
 		 265 aa  145  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0743  phage integrase family site specific recombinase  39.18 
 
 		 102 aa  81.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  26.2 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  27.83 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  25.58 
 
 		 345 aa  69.7  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  28.66 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  25 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  25.36 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  26.55 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 296 aa  62.4  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  26.44 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  23.84 
 
 		 304 aa  62  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.04 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  26.43 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  26.7 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  23.47 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  24.34 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  30.36 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  27.42 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  25.41 
 
 		 299 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  26.15 
 
 		 319 aa  59.3  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  26.97 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  28.22 
 
 		 298 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  23.93 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  25.24 
 
 		 373 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  26.83 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  25.15 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.63 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  28.1 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  27.65 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  25.6 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  28.98 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  28.1 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  28.98 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  23.98 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  24.24 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  24.59 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  25.95 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  25.63 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.99 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  26.64 
 
 		 317 aa  57.4  0.0000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.63 
 
 		 311 aa  57  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  25.97 
 
 		 290 aa  57  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0350  phage integrase family protein  22.29 
 
 		 341 aa  57  0.0000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000105216  hitchhiker  0.0000498769 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  29.02 
 
 		 325 aa  57  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 316 aa  57  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  26.59 
 
 		 310 aa  57  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  24.61 
 
 		 306 aa  57  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 315 aa  57  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.42 
 
 		 315 aa  57  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 		 309 aa  57  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  29.7 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 299 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.97 
 
 		 333 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  25.79 
 
 		 308 aa  56.6  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 329 aa  56.2  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.79 
 
 		 316 aa  56.2  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 296 aa  56.6  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  24.55 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 333 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1006  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.21 
 
 		 356 aa  56.2  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000475631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 		 308 aa  56.6  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5530  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.1 
 
 		 357 aa  56.2  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.267916  hitchhiker  0.00142122 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 333 aa  56.2  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  25.51 
 
 		 324 aa  56.2  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 298 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>