183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2657 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2276  hydrogenase formation HypD protein  83.84 
 
 		 365 aa  637    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2657  hydrogenase formation HypD protein  100 
 
 		 365 aa  743    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0364  hydrogenase expression/formation protein HypD  73.41 
 
 		 363 aa  555  1e-157  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0801  hydrogenase formation HypD protein  68.42 
 
 		 363 aa  510  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0139  hydrogenase expression/formation protein HypD  65.65 
 
 		 360 aa  501  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0327705  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1076  hydrogenase expression/formation protein HypD  62.18 
 
 		 362 aa  463  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.490079  normal  0.158086 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00520  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.99 
 
 		 359 aa  372  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0142  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.97 
 
 		 393 aa  368  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3063  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.34 
 
 		 365 aa  359  5e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.454763  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0117  hydrogenase formation HypD protein  47.93 
 
 		 363 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0182713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1132  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.48 
 
 		 363 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01200  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.17 
 
 		 370 aa  352  4e-96  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3130  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.66 
 
 		 363 aa  350  2e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0308  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.79 
 
 		 363 aa  348  6e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1643  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.62 
 
 		 373 aa  348  7e-95  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3634  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.93 
 
 		 367 aa  347  2e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1242  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.67 
 
 		 364 aa  347  2e-94  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1434  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.94 
 
 		 364 aa  345  1e-93  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.736513  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1952  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.31 
 
 		 363 aa  345  1e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1216  hydrogenase maturation factor  46.94 
 
 		 364 aa  344  2e-93  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2007  hydrogenase formation HypD protein  49.04 
 
 		 368 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4014  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.37 
 
 		 360 aa  342  5.999999999999999e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.372388  normal  0.161681 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1762  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.56 
 
 		 367 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.85 
 
 		 373 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.58 
 
 		 373 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.58 
 
 		 373 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1419  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.49 
 
 		 371 aa  335  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.58 
 
 		 373 aa  335  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2525  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.76 
 
 		 371 aa  335  7.999999999999999e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0464  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.41 
 
 		 361 aa  333  2e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0327148  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.3 
 
 		 373 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2778  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.3 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.03 
 
 		 373 aa  333  4e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.03 
 
 		 373 aa  333  4e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.03 
 
 		 373 aa  333  4e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.03 
 
 		 373 aa  333  4e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  45.75 
 
 		 373 aa  332  8e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.75 
 
 		 373 aa  332  8e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.75 
 
 		 373 aa  332  8e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  43.29 
 
 		 383 aa  332  8e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  45.75 
 
 		 373 aa  332  8e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.75 
 
 		 373 aa  332  8e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03910  hydrogenase formation HypD protein  43.5 
 
 		 365 aa  331  1e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.5 
 
 		 384 aa  329  4e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.11 
 
 		 373 aa  328  6e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.85 
 
 		 374 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.32 
 
 		 377 aa  325  6e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3362  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.16 
 
 		 379 aa  325  9e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.203707 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.99 
 
 		 382 aa  324  1e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.11 
 
 		 371 aa  322  5e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2177  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.66 
 
 		 377 aa  322  6e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.380266 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.11 
 
 		 376 aa  322  6e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3878  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.79 
 
 		 365 aa  322  9.000000000000001e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0530  hydrogenase formation HypD protein  44.32 
 
 		 361 aa  321  9.999999999999999e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2160  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.36 
 
 		 379 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0724  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.89 
 
 		 363 aa  319  5e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.57 
 
 		 366 aa  318  7e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2361  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.82 
 
 		 367 aa  318  7.999999999999999e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255752  normal  0.11293 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0509  hydrogenase isoenzyme formation protein HypD  45.82 
 
 		 379 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.20958  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1455  hydrogenase formation HypD protein  43.89 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.472056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3401  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.51 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.25 
 
 		 402 aa  317  3e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.39 
 
 		 389 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1641  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.56 
 
 		 364 aa  317  3e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2049  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.33 
 
 		 364 aa  316  5e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  44.9 
 
 		 375 aa  315  6e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 366 aa  315  7e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 366 aa  315  7e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2405  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.73 
 
 		 366 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200766 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 366 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0389  hydrogenase formation HypD protein  45.64 
 
 		 346 aa  312  4.999999999999999e-84  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.483899  hitchhiker  0.0000000115047 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.34 
 
 		 375 aa  312  5.999999999999999e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.84 
 
 		 379 aa  311  7.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.45 
 
 		 371 aa  311  9e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3111  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.67 
 
 		 378 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3759  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.33 
 
 		 376 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4509  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.08 
 
 		 364 aa  310  2.9999999999999997e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629717  normal  0.249783 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.34 
 
 		 371 aa  310  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  44.44 
 
 		 375 aa  309  4e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.73 
 
 		 371 aa  308  6.999999999999999e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.08 
 
 		 380 aa  308  8e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1070  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.43 
 
 		 368 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.250969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.47 
 
 		 378 aa  308  1.0000000000000001e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2741  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.85 
 
 		 381 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2386  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.6 
 
 		 367 aa  307  2.0000000000000002e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0725223 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0089  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.61 
 
 		 352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1783  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.33 
 
 		 365 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.146448  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.76 
 
 		 385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2438  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.32 
 
 		 375 aa  306  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.841685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3912  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.83 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.54 
 
 		 376 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0502  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.24 
 
 		 342 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.539415 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1140  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.86 
 
 		 343 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.703193  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0474  hydrogenase expression/formation  43.05 
 
 		 382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982251  normal  0.264843 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3966  hydrogenase formation HypD protein  42.39 
 
 		 374 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.58 
 
 		 376 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3444  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.14 
 
 		 369 aa  300  2e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.548091 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2812  HypD' protein  42.12 
 
 		 380 aa  300  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.33874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.39 
 
 		 380 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2485  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.33 
 
 		 378 aa  300  4e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>