More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3295 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3295  geranyltranstransferase  100 
 
 		 291 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  70.93 
 
 		 289 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2796  polyprenyl synthetase  71.97 
 
 		 289 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1135  farnesyl-diphosphate synthase  71.18 
 
 		 289 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0089  farnesyl-diphosphate synthase  65.86 
 
 		 288 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.930006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2921  farnesyl-diphosphate synthase  62.89 
 
 		 287 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  58.99 
 
 		 287 aa  275  5e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  52.57 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  52.07 
 
 		 337 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  51.66 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  55.21 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  49.83 
 
 		 293 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  48.34 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  50.52 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  50 
 
 		 294 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  48.7 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  54.04 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  48.81 
 
 		 293 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  46.98 
 
 		 321 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  50.93 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  47.33 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  48.41 
 
 		 293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  47.23 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  48.61 
 
 		 309 aa  218  7e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  48.22 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  46.1 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  48.7 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  46.97 
 
 		 293 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  47.99 
 
 		 295 aa  215  5.9999999999999996e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  48.24 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  47.54 
 
 		 299 aa  214  9e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  47.22 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  56.52 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  46.42 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  46.42 
 
 		 293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  46.42 
 
 		 293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  46.42 
 
 		 293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  53.42 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  47.1 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  44.64 
 
 		 299 aa  211  7.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  48.41 
 
 		 293 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  49.61 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  43.2 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  50 
 
 		 294 aa  211  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  43.2 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  50.67 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  52.57 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  50.67 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  48.89 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  49.21 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  49.63 
 
 		 294 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  49.63 
 
 		 294 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  49.63 
 
 		 294 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  49.63 
 
 		 294 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  49.62 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  55.43 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  49.63 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  49.63 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  47.35 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  51.02 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  49.63 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  49.62 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  46.27 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  49.62 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  51.02 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  49.24 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  49.26 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  52.21 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  47.54 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  49.24 
 
 		 294 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  48.43 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  56.25 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  46.82 
 
 		 300 aa  205  5e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  50.7 
 
 		 297 aa  205  6e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  43.87 
 
 		 300 aa  205  9e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  50.68 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  49.24 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  52.14 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  49.8 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  44.65 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  47.56 
 
 		 303 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  47.43 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  43.71 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2194  polyprenyl synthetase  52.05 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  46.76 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  48.31 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  51.15 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  44.24 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  50.36 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  46.85 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  50.36 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4157  Polyprenyl synthetase  51.32 
 
 		 304 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2457  Polyprenyl synthetase  51.56 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  0.426331 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  50.55 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  50.55 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  50.55 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  47.78 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  43.98 
 
 		 294 aa  198  7e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0888  geranyltranstransferase  48.18 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>