More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2419 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 308 aa  627  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  70.3 
 
 		 306 aa  460  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  68.98 
 
 		 307 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  67.66 
 
 		 307 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  67.66 
 
 		 307 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  64.82 
 
 		 316 aa  418  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  67.11 
 
 		 311 aa  417  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  55.37 
 
 		 308 aa  331  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  56.29 
 
 		 308 aa  326  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  54.13 
 
 		 308 aa  325  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  53.8 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  55.12 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  55.56 
 
 		 307 aa  322  5e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  55.88 
 
 		 307 aa  318  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  54.58 
 
 		 307 aa  317  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  56.21 
 
 		 307 aa  315  5e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  53 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  54.61 
 
 		 304 aa  314  1.9999999999999998e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  56.68 
 
 		 315 aa  311  5.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  55.63 
 
 		 322 aa  311  6.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  53.92 
 
 		 307 aa  305  6e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  54.64 
 
 		 306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  53.92 
 
 		 307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  53.47 
 
 		 308 aa  301  8.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  53.27 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  52.3 
 
 		 302 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  54.52 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  51.32 
 
 		 308 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  53.97 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  54.13 
 
 		 308 aa  280  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  54.13 
 
 		 308 aa  279  5e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  52.98 
 
 		 301 aa  278  8e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  50.49 
 
 		 306 aa  276  5e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  48.68 
 
 		 313 aa  274  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  49.16 
 
 		 312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  48.85 
 
 		 308 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  39 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  45.07 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  44.41 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  45.31 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  46.69 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  44.98 
 
 		 308 aa  225  8e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  43.85 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  45.75 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  44.98 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  43.51 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  41.94 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  43.55 
 
 		 316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  44.22 
 
 		 627 aa  211  9e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  41.5 
 
 		 313 aa  206  5e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  43.62 
 
 		 310 aa  205  7e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  40.4 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  37.85 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  41.56 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  41.56 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  40.67 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  41.67 
 
 		 319 aa  195  1e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  37.74 
 
 		 312 aa  192  5e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  34.23 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  41.78 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  39.87 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.68 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  42.07 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  43.1 
 
 		 320 aa  189  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  39.76 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  43.23 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  39.14 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.52 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  42.57 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  40.91 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  38.97 
 
 		 336 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  40.98 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  41.61 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  41.03 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  41.42 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  42.86 
 
 		 318 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  39.54 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  39.54 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  39.54 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  39.27 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  39.54 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  39.27 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  39.27 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  39.54 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  39.22 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  39.22 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  43.56 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  38.89 
 
 		 306 aa  176  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  40.73 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  40.76 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 		 338 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  38.24 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>