More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2004 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
634 aa  1305    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000423635  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.1 
 
 
469 aa  172  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  52.52 
 
 
681 aa  166  8e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.59 
 
 
1193 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1267  putative PAS/PAC sensor protein  38.83 
 
 
849 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0446298  normal  0.4297 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.59 
 
 
896 aa  140  8.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1622  putative PAS/PAC sensor protein  38.51 
 
 
565 aa  134  5e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0238251 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.38 
 
 
1509 aa  127  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1979  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.83 
 
 
348 aa  124  6e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.927247  normal  0.526243 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
589 aa  114  5e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3012  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 
556 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0214699  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.97 
 
 
1465 aa  112  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.74 
 
 
645 aa  111  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
1260 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 
1260 aa  107  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  29.57 
 
 
848 aa  102  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1792  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.58 
 
 
984 aa  95.9  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
713 aa  94.4  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0440  putative PAS/PAC sensor protein  34.04 
 
 
686 aa  93.2  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 
357 aa  93.2  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 
803 aa  90.1  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
1146 aa  88.6  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
804 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.01 
 
 
931 aa  85.9  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2045  metal dependent phosphohydrolase  35.21 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.803605  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  30.11 
 
 
1109 aa  85.5  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3089  metal dependent phosphohydrolase  29.73 
 
 
366 aa  84  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 
545 aa  82.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
677 aa  80.9  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  40.56 
 
 
819 aa  80.5  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0681  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.15 
 
 
481 aa  79  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.123667  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 
819 aa  79.3  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  27.96 
 
 
1113 aa  79  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0907  putative PAS/PAC sensor protein  34.48 
 
 
535 aa  79  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  33.71 
 
 
438 aa  79  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  34.92 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
548 aa  77.8  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 
761 aa  77.4  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2388  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
535 aa  77.4  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.219764  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1320  HD-GYP domain-containing protein  31.41 
 
 
471 aa  77  0.0000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0106  stage II sporulation E  33.06 
 
 
415 aa  76.6  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.14 
 
 
544 aa  76.6  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.54 
 
 
362 aa  77  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
545 aa  75.9  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.88 
 
 
1877 aa  75.5  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.58 
 
 
1078 aa  76.3  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  37.68 
 
 
883 aa  75.5  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.19 
 
 
1158 aa  75.9  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
683 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.96 
 
 
1338 aa  75.1  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.94 
 
 
866 aa  74.7  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3834  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.69 
 
 
908 aa  74.3  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3437  sensory box histidine kinase  22.45 
 
 
533 aa  74.3  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.25 
 
 
798 aa  73.9  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0658643 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3068  serine phosphatase  30.23 
 
 
612 aa  73.9  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266208  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0065  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.36 
 
 
377 aa  73.6  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3517  putative PAS/PAC sensor protein  33.53 
 
 
463 aa  73.2  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.57 
 
 
356 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1199  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
968 aa  72.8  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0569956 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  30.48 
 
 
719 aa  72  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.11 
 
 
853 aa  72  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  29.78 
 
 
371 aa  72.4  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1885  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.63 
 
 
792 aa  72  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
726 aa  72  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0662755 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.08 
 
 
726 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.41 
 
 
1132 aa  70.9  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0400  adenylate/guanylate cyclase  29.19 
 
 
864 aa  71.2  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  20.98 
 
 
952 aa  70.5  0.00000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.19 
 
 
1184 aa  70.1  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.656273  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
935 aa  69.7  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0339259  normal  0.305866 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
544 aa  68.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1802  GAF sensor signal transduction histidine kinase  21.74 
 
 
456 aa  68.9  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 
805 aa  69.3  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1928  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 
920 aa  69.3  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3744  GAF/PAS/PAC sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  27.65 
 
 
858 aa  68.9  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.56 
 
 
971 aa  68.6  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.31 
 
 
719 aa  68.6  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4616  GAF sensor hybrid histidine kinase  21.62 
 
 
701 aa  68.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3668  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
650 aa  67.8  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.08 
 
 
711 aa  67.8  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  25.12 
 
 
803 aa  67.4  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0091  adenylate/guanylate cyclase  29.12 
 
 
859 aa  67  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.101175 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.92 
 
 
1419 aa  67.4  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
593 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3374  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.62 
 
 
487 aa  67  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1433  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
974 aa  66.6  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.717996  normal  0.840517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2248  putative GAF sensor protein  26.95 
 
 
182 aa  66.6  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
815 aa  66.6  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18370  signal transduction histidine kinase  23.51 
 
 
389 aa  66.2  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.15 
 
 
511 aa  66.2  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.648429 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.46 
 
 
804 aa  65.9  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3675  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 
379 aa  65.5  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203937  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0149  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
593 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0903  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  20.84 
 
 
898 aa  65.5  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.345455  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
1017 aa  65.5  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 
1014 aa  65.5  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.78 
 
 
1692 aa  65.5  0.000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 
602 aa  65.1  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1514  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 
1253 aa  64.7  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.841858  normal  0.0475592 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04930  signal transduction histidine kinase  23.16 
 
 
389 aa  64.7  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>