More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_582 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_582  ribulose-phosphate 3-epimerase-like protein  100 
 
 
220 aa  447  1e-125  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0642  ribulose-phosphate 3-epimerase, putative  92.27 
 
 
220 aa  416  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0676  ribulose-phosphate 3-epimerase, putative  92.27 
 
 
220 aa  416  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0614  ribulose-phosphate 3-epimerase  87.73 
 
 
220 aa  395  1e-109  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  41.67 
 
 
224 aa  142  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  36.99 
 
 
224 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.25 
 
 
217 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.16 
 
 
218 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.02 
 
 
225 aa  133  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.79 
 
 
217 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.25 
 
 
227 aa  132  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.74 
 
 
221 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.74 
 
 
221 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.26 
 
 
216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.15 
 
 
220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  6e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  6e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  6e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.02 
 
 
218 aa  128  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.55 
 
 
214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.44 
 
 
234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.55 
 
 
214 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06630  ribulose-phosphate 3-epimerase, putative  37.99 
 
 
224 aa  125  5e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1981  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.53 
 
 
236 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  34.1 
 
 
217 aa  124  8.000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.78 
 
 
234 aa  124  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.78 
 
 
234 aa  124  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.12 
 
 
247 aa  124  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.43 
 
 
222 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.25 
 
 
219 aa  124  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03238  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0327  Ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1014  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.32 
 
 
220 aa  123  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4690  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.55 
 
 
224 aa  123  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1116  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.32 
 
 
220 aa  123  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3763  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0483274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3855  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004029  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3582  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.111758  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03190  hypothetical protein  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0327  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204958  normal  0.201128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3662  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.5 
 
 
225 aa  123  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383295  normal  0.0239622 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  37.61 
 
 
224 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.78 
 
 
236 aa  122  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.07 
 
 
221 aa  122  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.42 
 
 
221 aa  122  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.71 
 
 
211 aa  122  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.92 
 
 
220 aa  122  6e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.36 
 
 
235 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  33.96 
 
 
217 aa  121  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0669  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.67 
 
 
225 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000493752  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  33.49 
 
 
221 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.68 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.62 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3755  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.61 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3851  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.61 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.41 
 
 
221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  36.5 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.14 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3680  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.61 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  34.76 
 
 
239 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2328  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  36.87 
 
 
228 aa  119  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.377828  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3362  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.68 
 
 
230 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.1 
 
 
223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.38 
 
 
233 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.41 
 
 
231 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3799  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.61 
 
 
225 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.97 
 
 
230 aa  118  6e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.5 
 
 
211 aa  118  6e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.5 
 
 
231 aa  118  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.02 
 
 
219 aa  118  7e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.8 
 
 
219 aa  118  7.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3789  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.16 
 
 
225 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  32.71 
 
 
221 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.32 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.33 
 
 
227 aa  117  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3682  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.16 
 
 
225 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.341104  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0074  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  34.4 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.27 
 
 
219 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.82 
 
 
235 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  36.04 
 
 
220 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.87 
 
 
222 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.78 
 
 
235 aa  117  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  35.71 
 
 
229 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  33.5 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0648  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.15 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.8 
 
 
218 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.55 
 
 
221 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  32.13 
 
 
220 aa  116  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.19 
 
 
216 aa  116  3e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.68 
 
 
228 aa  116  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2874  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.22 
 
 
224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  36 
 
 
219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3176  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.49 
 
 
266 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>