More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0648 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0648  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
234 aa  476  1e-133  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.26 
 
 
220 aa  209  4e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.49 
 
 
216 aa  208  5e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0833  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.12 
 
 
216 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.05 
 
 
218 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.12 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.72 
 
 
221 aa  196  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.45 
 
 
219 aa  196  3e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.4 
 
 
219 aa  194  7e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.53 
 
 
233 aa  194  9e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.12 
 
 
217 aa  194  9e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.77 
 
 
225 aa  193  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.77 
 
 
225 aa  193  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.86 
 
 
230 aa  191  7e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.13 
 
 
225 aa  191  8e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.55 
 
 
222 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
224 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.74 
 
 
225 aa  189  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4448  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.91 
 
 
230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.01 
 
 
218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.86 
 
 
221 aa  188  5e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.96 
 
 
211 aa  188  5.999999999999999e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50761  D-ribulose-5-phosphate 3- epimerase  40.54 
 
 
232 aa  187  1e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.22 
 
 
211 aa  187  1e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
217 aa  186  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.03 
 
 
228 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  45.28 
 
 
224 aa  186  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.81 
 
 
225 aa  186  4e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
217 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0669  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.18 
 
 
225 aa  185  5e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000493752  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47 
 
 
225 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.76 
 
 
219 aa  184  7e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
221 aa  184  8e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.47 
 
 
216 aa  184  8e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.25 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.27 
 
 
219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1911  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.95 
 
 
230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.822201  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.91 
 
 
236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.18 
 
 
216 aa  182  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.33 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.33 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.79 
 
 
231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.47 
 
 
225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.47 
 
 
225 aa  181  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.37 
 
 
224 aa  181  6e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0977  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.04 
 
 
219 aa  181  7e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.213833 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03238  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0327  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3662  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383295  normal  0.0239622 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3855  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004029  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
224 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3763  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0483274  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3582  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.111758  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.79 
 
 
218 aa  180  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03190  hypothetical protein  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0327  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204958  normal  0.201128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4690  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.44 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.79 
 
 
214 aa  179  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.79 
 
 
214 aa  179  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.71 
 
 
224 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.71 
 
 
224 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.59 
 
 
236 aa  180  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.51 
 
 
214 aa  180  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1715  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.75 
 
 
229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  40 
 
 
222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.08 
 
 
229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3680  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.38 
 
 
225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.52 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.52 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.21 
 
 
220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3851  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
225 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.7 
 
 
232 aa  179  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.62 
 
 
228 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1994  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.23 
 
 
229 aa  179  4e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.03 
 
 
214 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3755  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
225 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.64 
 
 
224 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.8 
 
 
224 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.64 
 
 
224 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.64 
 
 
224 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.84 
 
 
230 aa  178  5.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
225 aa  178  5.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.67 
 
 
218 aa  178  5.999999999999999e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.59 
 
 
224 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.34 
 
 
235 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.98 
 
 
247 aa  178  7e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.18 
 
 
244 aa  178  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.63 
 
 
235 aa  177  9e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3605  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.98 
 
 
218 aa  177  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406729  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1057  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.75 
 
 
223 aa  177  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0312064  normal  0.484494 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44 
 
 
239 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>