124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5021 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 297 aa  604  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.5 
 
 		 296 aa  339  2.9999999999999998e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  43.31 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.75 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  42.61 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.2 
 
 		 286 aa  210  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.33 
 
 		 318 aa  206  5e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  41.37 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.8 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  42.68 
 
 		 249 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.91 
 
 		 324 aa  182  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  36.04 
 
 		 285 aa  180  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.71 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.93 
 
 		 341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  36.25 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  38.25 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.25 
 
 		 256 aa  166  5e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.3 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  36.44 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  33.88 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.99 
 
 		 279 aa  153  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  32.57 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.36 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.04 
 
 		 283 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  31.07 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  34.71 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.88 
 
 		 281 aa  136  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.4 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  32.76 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  32.36 
 
 		 326 aa  124  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.94 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.46 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  30.53 
 
 		 287 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.13 
 
 		 255 aa  112  6e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  32.08 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.3 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 		 248 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  28.06 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  27.67 
 
 		 250 aa  102  9e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.97 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 		 278 aa  99.4  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  35.03 
 
 		 254 aa  98.2  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  29.1 
 
 		 253 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.34 
 
 		 287 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 		 287 aa  95.5  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.44 
 
 		 248 aa  95.5  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  35.18 
 
 		 274 aa  92.4  7e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.78 
 
 		 248 aa  92  9e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  31.15 
 
 		 253 aa  91.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.41 
 
 		 245 aa  87.8  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.98 
 
 		 245 aa  87  3e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.28 
 
 		 246 aa  85.9  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.73 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 		 253 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.66 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  28.28 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.62 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  28.15 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  27.12 
 
 		 249 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.51 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.46 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  27.06 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.58 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  22.91 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  24.17 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.14 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.71 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.34 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.72 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.26 
 
 		 308 aa  58.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  25.2 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  26.97 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.49 
 
 		 300 aa  53.5  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  25 
 
 		 298 aa  52.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  28.57 
 
 		 298 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  26.07 
 
 		 298 aa  52.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  28.95 
 
 		 297 aa  52.8  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  27.92 
 
 		 298 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  27.92 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.95 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  27.92 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  25.91 
 
 		 309 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  26.14 
 
 		 309 aa  49.7  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  22.75 
 
 		 271 aa  49.3  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  27.27 
 
 		 298 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  30.23 
 
 		 371 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.23 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  25.18 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  25.74 
 
 		 309 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  25.74 
 
 		 309 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  25.49 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  26.25 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  22.47 
 
 		 276 aa  46.2  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  24.3 
 
 		 309 aa  46.2  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.71 
 
 		 330 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>