190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2636 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 496 aa  1024    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  50.7 
 
 		 500 aa  537  1e-151  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  40.24 
 
 		 493 aa  393  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  40.89 
 
 		 491 aa  384  1e-105  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  39.09 
 
 		 505 aa  379  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 491 aa  325  1e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  23.58 
 
 		 505 aa  67.4  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 470 aa  65.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  22.71 
 
 		 478 aa  60.8  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  22.77 
 
 		 474 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.75 
 
 		 481 aa  57  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  24.25 
 
 		 503 aa  57  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 477 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  20.36 
 
 		 482 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  19.35 
 
 		 490 aa  55.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  22.41 
 
 		 466 aa  54.3  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 476 aa  54.3  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 490 aa  54.3  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  23.64 
 
 		 461 aa  53.5  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 115 aa  53.5  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  21.98 
 
 		 477 aa  53.5  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  21.68 
 
 		 472 aa  53.5  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 469 aa  52.8  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  21.75 
 
 		 480 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 118 aa  52.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  23.31 
 
 		 475 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 252 aa  51.2  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  20.87 
 
 		 483 aa  51.2  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 256 aa  51.2  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  22.11 
 
 		 484 aa  51.2  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 101 aa  51.2  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  27.91 
 
 		 504 aa  50.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 198 aa  50.8  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 195 aa  50.8  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 74 aa  50.4  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  28.3 
 
 		 490 aa  50.4  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 461 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  21.77 
 
 		 477 aa  50.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 191 aa  49.7  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  39.34 
 
 		 175 aa  50.1  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  22.99 
 
 		 461 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 528 aa  49.7  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 463 aa  49.7  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  21.13 
 
 		 476 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 211 aa  49.3  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  22.22 
 
 		 489 aa  49.3  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2295  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 106 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.302272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  19.8 
 
 		 480 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  23.8 
 
 		 464 aa  49.3  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  32.97 
 
 		 107 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 349 aa  49.3  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 196 aa  49.3  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1178  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 508 aa  48.9  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0551  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 106 aa  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0302  DNA-binding transcriptional regulator  23.49 
 
 		 518 aa  48.5  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 76 aa  48.5  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 76 aa  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  22.41 
 
 		 461 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  38.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  20.72 
 
 		 470 aa  48.5  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 255 aa  48.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 300 aa  47.8  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  19.6 
 
 		 480 aa  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 199 aa  48.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 482 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 195 aa  48.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 68 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 68 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  20 
 
 		 481 aa  47.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  35 
 
 		 197 aa  47.8  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  32.47 
 
 		 104 aa  47.8  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 200 aa  47.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 130 aa  47.8  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 68 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 68 aa  47.4  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 116 aa  47.4  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  38.71 
 
 		 107 aa  47  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 491 aa  47  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3445  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 335 aa  47  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  21.56 
 
 		 488 aa  47  0.0008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  35.53 
 
 		 217 aa  46.6  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  36.84 
 
 		 182 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 510 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 510 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0155  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 115 aa  46.6  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 495 aa  46.6  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4059  XRE family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 510 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  32.91 
 
 		 89 aa  46.6  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 180 aa  46.2  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 112 aa  46.6  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 183 aa  46.2  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2592  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 210 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 107 aa  46.2  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>