More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0240 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_0240  response regulator receiver protein  100 
 
 
130 aa  266  5e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_138  response regulator  86.92 
 
 
130 aa  236  5e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0131  response regulator  80.77 
 
 
130 aa  229  1e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.5 
 
 
819 aa  88.6  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 
842 aa  84  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
804 aa  82  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
819 aa  82  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
695 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1777  response regulator receiver protein  36.13 
 
 
129 aa  80.9  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723308  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 
844 aa  77  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1970  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 
602 aa  75.9  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.316288  normal  0.365319 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.74 
 
 
688 aa  74.3  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  31.97 
 
 
1379 aa  73.6  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 
1262 aa  72.8  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4840  two-component response regulator PilR  35.59 
 
 
448 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.43512  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5744  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
510 aa  67.8  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.739341 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3372  response regulator receiver protein  34.48 
 
 
106 aa  67.8  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.457029  normal  0.363016 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  32.26 
 
 
1092 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.79 
 
 
1258 aa  65.5  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2811  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
498 aa  65.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.782124  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 
1168 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0223  histidine kinase  28.57 
 
 
647 aa  65.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0845  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.51 
 
 
508 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.903712  hitchhiker  0.00198769 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.65 
 
 
451 aa  65.5  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
556 aa  64.3  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  29.6 
 
 
737 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0823  type 4 fimbriae expression regulatory protein pilR  30.83 
 
 
446 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4217  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 
686 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34172  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.04 
 
 
513 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1916  response regulator receiver protein  29.57 
 
 
128 aa  62.8  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.639162  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0722  helix-turn-helix, Fis-type  30.16 
 
 
445 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  32.26 
 
 
248 aa  62  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0638  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.64 
 
 
453 aa  62.8  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1570  response regulator receiver protein  31.36 
 
 
210 aa  62.8  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  35.25 
 
 
564 aa  62.8  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  32.26 
 
 
248 aa  62.4  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  32.26 
 
 
248 aa  62  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4243  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 
653 aa  61.6  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506182  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  29.75 
 
 
446 aa  60.8  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 
551 aa  61.2  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  31.15 
 
 
1258 aa  61.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0387  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.58 
 
 
487 aa  60.5  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0207452  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6114  putative PAS/PAC sensor protein  29.84 
 
 
532 aa  60.5  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.249535  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
556 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60260  two-component response regulator PilR  31.67 
 
 
445 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000831057 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5187  two-component response regulator PilR  31.67 
 
 
445 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
846 aa  60.1  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000921222 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4373  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 
687 aa  59.3  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0865062  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.03 
 
 
225 aa  59.7  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2268  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.94 
 
 
221 aa  59.7  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4350  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
686 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
542 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
773 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
1079 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6561  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
863 aa  58.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0891  response regulator receiver domain-containing protein  29.6 
 
 
137 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.91 
 
 
225 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2022  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 
1258 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.250401  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.53 
 
 
234 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1980  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.1 
 
 
449 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
1106 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.09 
 
 
444 aa  58.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.415197  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0532  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  30.83 
 
 
144 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.693911  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3600  two-component response regulator AlgB  31.5 
 
 
442 aa  58.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.7 
 
 
448 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.837927 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1801  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
522 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2396  histidine kinase  33.63 
 
 
539 aa  58.5  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.106517 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  30.65 
 
 
248 aa  58.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.82 
 
 
463 aa  58.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
1180 aa  58.2  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0754  response regulator receiver domain-containing protein  32.17 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0965  two-component response regulator PilR  30 
 
 
446 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.25964  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6282  two-component response regulator AlgB  29.57 
 
 
449 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2944  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.85 
 
 
223 aa  58.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal  0.70587 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.68 
 
 
952 aa  58.2  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0176  two-component response regulator AlgB  31.82 
 
 
450 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1874  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.46 
 
 
234 aa  57.8  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254038  normal  0.519638 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72380  two-component response regulator AlgB  29.57 
 
 
449 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.415261  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1833  putative diguanylate phosphodiesterase  28.23 
 
 
566 aa  57.8  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0133  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.82 
 
 
448 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 
520 aa  57.4  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0150  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.82 
 
 
448 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17451  two-component response regulator  28.46 
 
 
269 aa  57.4  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.86 
 
 
781 aa  57  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5095  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.82 
 
 
448 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.28 
 
 
224 aa  57.4  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1854  response regulator receiver protein  29.17 
 
 
445 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654411  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1771  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 
923 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.357218 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2416  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
522 aa  57  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.550886  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.03 
 
 
232 aa  57  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3733  CheA signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 
769 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.577352  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2618  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.52 
 
 
453 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4054  two component transcriptional regulator  24.17 
 
 
226 aa  57  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.271916 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4572  CheA signal transduction histidine kinases  30.97 
 
 
769 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3791  CheA signal transduction histidine kinases  30.97 
 
 
769 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.267283 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0334  alginate biosynthesis transcriptional regulatory protein AlgB  29.57 
 
 
448 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368066  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2860  response regulator receiver  36.07 
 
 
121 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.388237  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  31.86 
 
 
1023 aa  56.6  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.46 
 
 
266 aa  56.6  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1409  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
778 aa  56.6  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>