More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1967 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1967  YidC translocase/secretase  100 
 
 
548 aa  1124    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.537012  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0888  60 kDa inner membrane insertion protein  54.9 
 
 
539 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00675947 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1917  60 kDa inner membrane insertion protein  54.28 
 
 
534 aa  592  1e-168  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0379054  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  47.58 
 
 
536 aa  520  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3157  60 kDa inner membrane insertion protein  47.9 
 
 
534 aa  476  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.199862  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  45.82 
 
 
550 aa  458  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  37.19 
 
 
536 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  37.95 
 
 
542 aa  327  3e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2597  60 kDa inner membrane insertion protein  38.24 
 
 
553 aa  320  3e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.953083  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4429  60 kDa inner membrane insertion protein  37.06 
 
 
528 aa  318  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3561  protein translocase subunit yidC  37.48 
 
 
536 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3642  60 kDa inner membrane insertion protein  38.07 
 
 
530 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0951488  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4059  60 kDa inner membrane insertion protein  39.05 
 
 
537 aa  312  1e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.082021  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3466  hypothetical protein  37.25 
 
 
531 aa  311  2e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  36.13 
 
 
547 aa  301  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  37.13 
 
 
542 aa  299  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.35 
 
 
575 aa  291  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  33.1 
 
 
557 aa  290  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  34.73 
 
 
556 aa  290  4e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  35.05 
 
 
562 aa  290  5.0000000000000004e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2776  60 kDa inner membrane insertion protein  35.54 
 
 
569 aa  283  8.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.395944  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.62 
 
 
560 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.96 
 
 
545 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  31.65 
 
 
551 aa  278  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.61 
 
 
567 aa  278  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.07 
 
 
550 aa  277  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2600  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  33.73 
 
 
567 aa  277  5e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.417089 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.92 
 
 
543 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4157  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.75 
 
 
546 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000113128  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4182  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.75 
 
 
546 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000773413  normal  0.0773458 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  34.56 
 
 
566 aa  275  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4246  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.75 
 
 
546 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000142375  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.31 
 
 
553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.98 
 
 
541 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  32.05 
 
 
542 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.56 
 
 
554 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  34.97 
 
 
559 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  34.34 
 
 
552 aa  274  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3154  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.52 
 
 
553 aa  274  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000638548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.03 
 
 
560 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.67 
 
 
541 aa  274  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.1 
 
 
552 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.1 
 
 
552 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  33.73 
 
 
545 aa  274  4.0000000000000004e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.86 
 
 
543 aa  273  5.000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.61 
 
 
554 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
558 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
558 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
558 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.61 
 
 
554 aa  273  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.84 
 
 
560 aa  273  7e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.31 
 
 
554 aa  273  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
558 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
558 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
558 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
558 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.38 
 
 
557 aa  271  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  33.39 
 
 
552 aa  271  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.46 
 
 
552 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.3 
 
 
560 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.5 
 
 
552 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  37.06 
 
 
556 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  37.06 
 
 
556 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.33 
 
 
565 aa  270  4e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.28 
 
 
544 aa  270  5e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.92 
 
 
543 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.25 
 
 
555 aa  269  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  33.46 
 
 
545 aa  268  1e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  32.75 
 
 
550 aa  269  1e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.93 
 
 
541 aa  269  1e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.92 
 
 
555 aa  268  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.7 
 
 
553 aa  266  5e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.79 
 
 
548 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.79 
 
 
548 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4149  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.56 
 
 
548 aa  266  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000105437  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0136  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.23 
 
 
533 aa  265  1e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.170147  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.79 
 
 
548 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5299  60 kDa inner membrane insertion protein  35.09 
 
 
565 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.477817  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.34 
 
 
548 aa  266  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.79 
 
 
548 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0002  60 kDa inner membrane insertion protein  32.91 
 
 
544 aa  264  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000135714  unclonable  0.000000000155498 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.22 
 
 
563 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.52 
 
 
555 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03589  inner membrane protein translocase component YidC  43.45 
 
 
548 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.45 
 
 
548 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  43.45 
 
 
548 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  43.69 
 
 
562 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5012  60 kDa inner membrane insertion protein  34.87 
 
 
567 aa  263  6.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  43.45 
 
 
548 aa  263  8e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.45 
 
 
548 aa  263  8e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  42.86 
 
 
570 aa  263  8e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.45 
 
 
548 aa  263  8.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.45 
 
 
548 aa  263  8.999999999999999e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.45 
 
 
548 aa  263  8.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.45 
 
 
548 aa  263  8.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.83 
 
 
540 aa  262  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.03 
 
 
560 aa  262  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5050  inner membrane protein, 60 kDa  29.01 
 
 
543 aa  261  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2388  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.91 
 
 
566 aa  261  2e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758023  hitchhiker  0.00000120585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  31.52 
 
 
545 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000606394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>