More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0517 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  100 
 
 		 173 aa  358  2e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  50.89 
 
 		 196 aa  159  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  46.34 
 
 		 166 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  46.25 
 
 		 192 aa  149  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  46.25 
 
 		 180 aa  149  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  46.15 
 
 		 182 aa  148  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  45.34 
 
 		 185 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  43.9 
 
 		 170 aa  144  9e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  44.44 
 
 		 166 aa  140  7e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  42.86 
 
 		 169 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  40.49 
 
 		 170 aa  138  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  45.45 
 
 		 171 aa  137  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  41.14 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  40.99 
 
 		 169 aa  135  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  41.67 
 
 		 179 aa  134  5e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  39.52 
 
 		 171 aa  134  9e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  37.65 
 
 		 167 aa  129  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  42.57 
 
 		 169 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  42.41 
 
 		 177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  41.46 
 
 		 173 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  39.86 
 
 		 170 aa  125  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  39.1 
 
 		 201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  42.07 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  35.98 
 
 		 167 aa  114  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  38.75 
 
 		 174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  31.52 
 
 		 166 aa  97.1  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  92  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  92  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  91.7  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  91.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  35.53 
 
 		 188 aa  91.7  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  91.3  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  91.3  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  91.3  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  91.3  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  31.95 
 
 		 174 aa  91.3  7e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  91.3  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  90.9  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  35.8 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  36.42 
 
 		 176 aa  89  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 225 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  35.54 
 
 		 173 aa  87.8  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  35.76 
 
 		 225 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  35.76 
 
 		 225 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  34.55 
 
 		 172 aa  87.4  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  35.54 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  36.75 
 
 		 172 aa  87  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  35.19 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  35.19 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  35.19 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  35.19 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  33.94 
 
 		 174 aa  87.4  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  35.54 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  36.97 
 
 		 180 aa  86.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  35.76 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  35.19 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  35.54 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 171 aa  85.5  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  36.59 
 
 		 171 aa  85.5  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0938  shikimate kinase  29.81 
 
 		 172 aa  85.5  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.108411  normal  0.830566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 171 aa  85.1  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 171 aa  84.7  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  33.95 
 
 		 165 aa  84.3  8e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.78 
 
 		 174 aa  84  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.11 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  34.16 
 
 		 177 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 167 aa  82.8  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  29.34 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  35.76 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  34.34 
 
 		 169 aa  82  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  34.94 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  31.33 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  33.11 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  33.14 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 172 aa  81.3  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.94 
 
 		 171 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  30.72 
 
 		 180 aa  80.9  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  35.37 
 
 		 172 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  34.64 
 
 		 163 aa  80.5  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.93 
 
 		 168 aa  80.1  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  34.16 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.15 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  30.9 
 
 		 190 aa  79.7  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.93 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  31.98 
 
 		 173 aa  79.3  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  34.16 
 
 		 171 aa  79.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.34 
 
 		 190 aa  79.7  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0260  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0179047  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.44 
 
 		 183 aa  79  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>