103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CJE0152 on replicon NC_003912
Organism: Campylobacter jejuni RM1221



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003912  CJE0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
218 aa  436  1e-121  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.234547  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  99.08 
 
 
218 aa  433  1e-121  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0171  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  95.41 
 
 
218 aa  419  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1421  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.61 
 
 
220 aa  192  3e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.84 
 
 
217 aa  187  8e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0827  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.04 
 
 
217 aa  186  2e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.027438  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0162  protein of unknown function DUF558  38.91 
 
 
222 aa  177  8e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0506655  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1151  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.4 
 
 
218 aa  177  9e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.91 
 
 
219 aa  177  1e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.502749  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1911  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.08 
 
 
225 aa  134  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.47 
 
 
245 aa  63.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.08 
 
 
244 aa  62.8  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  26.46 
 
 
244 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.82 
 
 
249 aa  59.3  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.19 
 
 
243 aa  56.2  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 
241 aa  55.1  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.37 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  23.48 
 
 
248 aa  53.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.13 
 
 
243 aa  52.8  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 
235 aa  52.4  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.55 
 
 
243 aa  52  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  23.67 
 
 
250 aa  52  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.68 
 
 
243 aa  52  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2857  protein of unknown function DUF558  23.24 
 
 
241 aa  52  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3257  conserved hypothetical protein TIGR00046  23.24 
 
 
241 aa  52  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  25.68 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  25.68 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
244 aa  51.2  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.68 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.68 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.68 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.68 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  25.68 
 
 
243 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  22.43 
 
 
250 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.65 
 
 
244 aa  50.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  27.03 
 
 
242 aa  49.7  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  22.86 
 
 
250 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.14 
 
 
243 aa  49.3  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  28.85 
 
 
243 aa  49.3  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  29.17 
 
 
227 aa  49.7  0.00004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.9 
 
 
245 aa  49.7  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  22.61 
 
 
243 aa  49.3  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.73 
 
 
246 aa  49.3  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.77 
 
 
259 aa  48.9  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.77 
 
 
243 aa  48.5  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.77 
 
 
259 aa  48.9  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.14 
 
 
243 aa  48.5  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.77 
 
 
259 aa  48.5  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.77 
 
 
259 aa  48.5  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31 
 
 
226 aa  48.5  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.61 
 
 
242 aa  48.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.47 
 
 
242 aa  47.8  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.14 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.34 
 
 
247 aa  47.8  0.0001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.21 
 
 
251 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.17 
 
 
246 aa  47.8  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.84 
 
 
244 aa  47.4  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.57 
 
 
243 aa  47  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.03 
 
 
243 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 
250 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.77 
 
 
244 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  23.73 
 
 
233 aa  47  0.0002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1497  protein of unknown function DUF558  27.19 
 
 
236 aa  47.4  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.42 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.13 
 
 
247 aa  45.8  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  22.94 
 
 
253 aa  45.8  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.4 
 
 
243 aa  45.4  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.75 
 
 
243 aa  45.1  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.97 
 
 
243 aa  45.1  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.75 
 
 
243 aa  45.1  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.84 
 
 
220 aa  45.1  0.0008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.312887  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  23 
 
 
230 aa  44.3  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.58 
 
 
245 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  23.11 
 
 
246 aa  44.7  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.21 
 
 
257 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  27.52 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.96 
 
 
244 aa  43.9  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.87 
 
 
245 aa  43.9  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
243 aa  43.5  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.17 
 
 
243 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.75 
 
 
243 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.58 
 
 
245 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.63 
 
 
244 aa  43.9  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.67 
 
 
255 aa  43.1  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.04 
 
 
234 aa  43.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.67 
 
 
241 aa  42.7  0.004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  23.32 
 
 
242 aa  42.7  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.97 
 
 
243 aa  42.7  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.42 
 
 
248 aa  42.4  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.28 
 
 
248 aa  42.4  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.14 
 
 
249 aa  42  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.33 
 
 
222 aa  42  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.46 
 
 
242 aa  42  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  24.66 
 
 
244 aa  42  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.28 
 
 
285 aa  42  0.008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.65 
 
 
244 aa  42  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>