More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3337 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  621  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  73.62 
 
 		 336 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  72.96 
 
 		 309 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 331 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 291 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  50.86 
 
 		 298 aa  292  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 316 aa  292  5e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 305 aa  266  2e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 301 aa  265  5e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.46 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 312 aa  251  8.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  39.4 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  38.74 
 
 		 309 aa  248  9e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.73 
 
 		 297 aa  235  7e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 326 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 295 aa  195  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.83 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.28 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.37 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.99 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 291 aa  187  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 335 aa  185  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.83 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 328 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.1 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.06 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 293 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 325 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 288 aa  178  8e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 313 aa  178  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  178  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.76 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.54 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.89 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.38 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  31.38 
 
 		 290 aa  176  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  34.48 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>